出资人（更专业的叫法是股东，也就是你说的三个合伙人）用自己的钱缴付了注册资本后，这些钱就成了公司自己的钱，而不再是股东的钱——这是公司法最基本的原理，因为公司是有独立的法律人格和法律地位的。股东缴付出资后，得到的是“股权”，简单理解就是分红、决定公司重大事项的权利。你可以简单理解为：出资人花钱从公司买股权从而成为股东。
所以，你的那个合伙人是不能随便从公司拿钱的，无论是出于什么目的！（除非分红、减资等情形，且这些需要遵从法定的程序——你提到拿钱经过了“手续”，但我认为你指的很可能是财务上的比如记账、审批之类的内部行政手续，而不是真正具有公司法意义的程序。请记住，法定的、股东可以从公司“拿钱”的程序，基本上只有分红和减资，而分红也不是随便把利润一分就可以了，也要符合公司法和公司章程规定的内部、外部程序！）。股东随便从公司拿钱的行为可以扣上不同的帽子（都是法定的哦），比如你可能听说过：抽逃出资、出资不实、侵占公司财产等。这些“帽子”所对应的就是相应的法律责任，多数是民事责任，甚至可能是刑事责任。因此简单地说，公司（还记得公司是独立的“人”吧）、公司股东、甚或公司的利益相关方（比如监管机关啊、债权人啊）都可以基于法律赋予的权利要求抽逃公司/侵占公司财产的股东返还财产。我认为要求返还财产才是最符合公司和其他股东利益的诉求，而不是直接考虑“减少”他的股份。
当然，既然你提到了有没有可能导致股东的股份“减少”？这是有可能的，法律术语叫减资。但首先，减资需要一定的公司内部程序（比如股东会决议）和外部程序（工商登记），这意味着减资不是一个想当然的结果，是需要经过一定程序才能实现的结果。第二，也是比较重要的一点：你可能会问，减资时，离开的股东能拿到多少钱？出资是缴付了1元就能拿到1元？会不会比1元多（公司盈利了）？会不会比1元少（公司亏损了）？答案是有可能的，原因就是：公司不是银行，你们不是把钱存在了公司里；而是已经把钱花出去了，从公司手里买来了股权——所以减资时你也可以相应的理解为公司把股权又卖回给你——这时的价格是不一定与出资时一样的。鉴于减资的具体程序也比较冗长，你可以自己做研究，从我国的公司法入手是一个不错的主意。
从公司里拿了当初合伙时凑的那么多钱
那这是什么钱呢？盈利？流动资金？个人分红？又是怎么“拿”的呢？手续正常吗，经过其他股东允许吗？
你先回答这些。
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