根据你的描述：
1、你所困惑的问题，在法律层面上的解释：首先需要向你解释下，三方协议。这三方协议只是你将来毕业后，去协议单位就业时再次签订的《劳动合同》，提前签订的一份协议。这份协议约束性非常低。当然，即使他约束性高，我国劳动合同法明确规定，员工在试用期内可以口头解除劳动关系，转正后，即签订劳动合同后，书面提出解除劳动合同。这意味着，即使你到单位上班后，你在任何阶段都有权单方不需要任何理由，单方与用人单位解除劳动关系。这就是劳动法和劳动合同法中规定的，员工劳动自由的体现。
而三方协议往往紧紧是你即将开始的劳动关系，的提前预备协议。所以，需要在工作前签好三方协议。
2、报到证需要派发到你工作的地方。
3、关于档案，你的档案如果还在学校，那么先去你地方人才，那里接收并且帮助存放档案，或者把档案迁回老家人事局等将来你工作需要，可以再迁出。你的情况可以直接把档案迁到工作当地的人社局。
希望对你有帮助！
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