中国反洗钱监测分析中心内设15个处室，包括综合处、收集处、线索移送处、协查一处、协查二处、分析一处、分析二处、分析三处、分析四处、信息管理与支持处、方案开发处、研究处、国际交流处、财务处、人事处，另设上海分中心筹备组。
