明末的一大疑案。发生于万历三十一年(1603)。这一案件虽然不了了之﹐却充分暴露出明末朝廷中党争的激烈。
明神宗长子朱常洛的生母王氏原本是一普通宫女，在慈宁宫侍奉慈圣太后（明神宗生母）。有一天，明神宗来到慈宁宫向母亲请安，刚好太后不在，神宗正要离开时，发现了清秀可人的王氏，于是私下临幸。按照宫中规矩，皇帝临幸宫女，应该赐一物件给对方，作为临幸的凭证。但明神宗认为王氏是母亲宫中的宫女，私下临幸是一件不光彩的事情，所以没有给王氏任何信物，自顾自地去了。谁知道这片刻风流后，王氏竟然怀上了龙种。慈圣太后本人也是宫女出生，知道此事后不但没有为难王氏，还十分高兴地召来明神宗询问究竟。但出人意料的是，明神宗竟然矢口否认曾经私幸过王氏。只是这否认没有什么效果，皇帝的日常起居包括性生活都有专人记录，明神宗临幸王氏的事早就被记录在《内起居注》中。实在无可抵赖了，明神宗才红着脸默认了。明神宗对王宫女的临幸只是一时兴起，并不当真，新鲜劲儿一过，便不想负责任，因此他对王氏都没有什么感情。慈圣太后却是一位贤后，让儿子立王氏为恭妃，并且告诉儿子说：“我已经年纪大了，但还没有尝过抱孙子的滋味，如果王恭妃生个男孩，这是宗社的福气，母以子贵，可不能计较原先的贵贱啊！”
十月怀胎后，王氏生下了明神宗的第一个儿子——朱常洛。王宫人虽然被立为恭妃，但皇长子朱常洛一直没有被立为太子。
万历十四年正月，宠冠后宫的郑妃生下一子，取名朱常洵。郑妃聪明机灵，明神宗与她情深意笃，一直保持终生。由于皇帝对郑妃言听计从，在很长的一段时间内，她一直是一个朝野注目的人物，并招致了几乎所有人的唾骂。
因为郑妃是皇帝的心尖，生了儿子后，明神宗立即晋封郑妃为贵妃。大学士申时行等，认为皇长子朱常洛年已五岁，生母恭妃一直未闻加封，但郑妃甫生皇子，即晋封册，显见得是郑妃专宠。大学士们担心将来定有废长立幼的事情，于是上疏请册立东宫，有“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”之语。但明神宗在郑贵妃的怂恿下，总想借机立朱常洵为太子，于是就想出了种种办法拖延，但遭到大臣们的极力反对。当时太子又叫国本，因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为“国本之争”。大臣力争，要立朱常洛为太子，明神宗一拖再拖，大臣再争，争了十五年，使得宫廷斗争变得错综复杂。
第一次“妖书案”便是在这期间发生的。
万历十八年（1590年），著名大儒吕坤担任山西按察使，在职期间，他采辑了历史上贤妇烈女的事迹，著成《闺范图说》一书。宦官陈矩（后来执掌东厂，参与审理第二次“妖书案”）出宫时看到了这本书，买了一本带回宫中。郑贵妃看到之后，想借此书来抬高自己的地位，于是命人增补了十二人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃本人终篇，并亲自加作了一篇序文。之后，郑贵妃指使伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻了新版的《闺范图说》。
实际上，尽管第二版的《闺范图说》与第一版有许多相同之处，但出书人的初衷却有本质的区别，但逐渐有人开始将两版书混为一谈。
万历二十六年（1598年）五月，担任刑部侍郎的吕坤上《天下安危疏》（《忧危疏》），请明神宗节省费用，停止横征暴敛，以安定天下。吏科给事中戴士衡借此事大作文章，上疏弹劾吕坤，说他先写了一本《闺范图说》，然后又上《安危疏》，是“机深志险，包藏祸心”，“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”，逢迎郑贵妃。吕坤平白无故地蒙受了不白之冤，立即上疏为自己辩护，说：“先是，万历十八年臣为按察使时，刻《闺范》四册，明女教也。后来翻刻渐多，流布渐广，臣安敢逆知其传之所必至哉？……伏乞皇上洞察缘因《闺范图说》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道将臣所刻《闺范》与（郑）承恩所刻《闺范图说》一一检查，有无包藏祸心？”
吕坤确实比较冤枉，他原来的书被人改头换面，本来就与他无关，而还说他自己偷偷送进宫里，企图“结纳宫闱”，更是莫名其妙的罪名。因为整个事情牵涉到郑贵妃，明神宗装聋作哑，没有理睬。
不料平地再起风云，一个自称“燕山朱东吉”的人专门为《闺范图说》写了一篇跋文，名字叫《忧危竑议》，以传单的形式在京师广为流传。“朱东吉”的意思是朱家天子的东宫太子一定太吉。“忧危竑议”四字的意思是：在吕坤所上的《忧危疏》的基础上竑大其说，因为《忧危疏》中没有提到立太子的问题。文中采用问答体形式，专门议论历代嫡庶废立事件，影射“国本”问题，大概意思是说，《闺范图说》中首载汉明德马后，马后由贵人进中宫，吕坤此意其实是想讨好郑贵妃，而郑贵妃重刊此书，实质上是为自己的儿子夺取太子位埋下的伏笔。又说：吕坤疏言天下忧危，无事不言，惟独不及立皇太子事，用意不言自明。又称吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙，山西巡抚魏允贞等九人结党，依附郑贵妃。
此文（即所谓的“妖书”）一出，立即引起了轩然大波。人们不明所以，纷纷责怪书的原作者吕坤。吕坤忧惧不堪，借病致仕回家。
明神宗看到《忧危竑议》后，大为恼怒，可又不好大张旗鼓地追查作者。郑贵妃伯父郑承恩因为在《忧危竑议》中被指名道姓，也大为紧张，便怀疑《忧危竑议》为戴士衡和全椒知县樊玉衡所写。在戴士衡上疏之前，全椒知县樊玉衡曾上疏请立皇长子为皇太子，并指斥郑贵妃。
明神宗也不想把事情闹大，便亲下谕旨，说明《闺范》一书是他赐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》一书主旨相仿佛，以备朝夕阅览。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，经过严刑拷掠后，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名分别谪戍广东雷州和廉州。而吕坤因为已经患病致仕，置之不问。
吕坤之后再也没有步入仕途，闭门著述讲学，二十年后谢世。著名的《呻吟语》便是其作品。
戴士衡于万历四十五年（1617年）死于廉州。
明光宗即位后，起用樊玉衡为南京刑部主事，不过为樊玉衡推辞。
第一次“妖书案”，由于明神宗故意轻描淡写地处理，所以并未引起政坛的震动。至于谁是《忧危竑议》的真正作者，始终没有人知道。而六年后的第二次“妖书案”就非同一般了，其曲折离奇之处，令人匪夷所思。
在正式讲第二次“妖书案”前，先继续讲“国本之争”。明神宗迟迟不立长子朱常洛为太子，自然是想立郑贵妃之子朱常洵。但封建皇朝对嫡长制看得很重，太子必须立嫡（皇后所生之子称嫡），无嫡立长，在皇帝无子的情况下，可以兄终弟及。
当时明神宗皇后还在世，为了能够名正言顺地立郑贵妃之子朱常洵为太子，唯一的办法就是等到原配皇后死了，扶郑贵妃为皇后，这样朱常洵的身份就变成了“嫡子”，名份超越了朱常洛的“长子”。基于这样的考虑，明神宗在立太子的问题上采取了“拖”的态度，一直要拖到郑贵妃当皇后为止。为了郑贵妃，明神宗几乎得罪了所有的人，但他却不敢在败坏祖制这条路上走得太远。然而，天不遂人愿，偏偏明神宗皇后迟迟不死，不仅如此，还对王恭妃所生的皇长子朱常洛十分爱护。
明神宗一拖再拖，大臣们自然不同意，上疏者前赴后继，但都没有起到任何效果。到了万历二十九年，明神宗到慈圣太后那里问安，这位老太后不满意地问明神宗为什么迟迟不立太子。可能是老太后威风犹在的缘故，也可能明神宗对太后的问题事先没有准备，惊惶之下竟然说了一句关键的错话：“他（指儿子朱常洛）是都人（明朝皇宫内称呼宫人为都人）之子。”意思是说朱常洛出身卑贱。但明神宗显然是鬼迷心窍，他忘记了他母亲也是都人出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说 “你也是都人的儿子”时，明神宗这才醒悟过来，然后惊恐地“伏地不敢起”了。
这件事后，转眼到了八月，内阁大学士沈一贯上了一疏，竟然立竿见影地收到了奇效。奏疏中用“多子多孙”劝明神宗早立太子，终于打动了皇帝，下诏即日举行册立太子礼。这太子的人选，自然是指长子朱常洛。
朝野上下，闻讯而欢声雷动。但郑贵妃却坐不住了，为此跟明神宗大闹了一场，明神宗又开始动摇，以“典礼未备”为由，要改期册立太子。在关键时刻，沈一贯起了相当关键的作用，他将明神宗的手诏封还，坚决不同意改期。在这样的情况下，明神宗总算下了决心，于十月十五正式册立皇长子常洛为太子，朱常洵被封为福王。这位福王，就是后来在明末被农民起义军杀死后剁成肉酱的那位。
朱常洛虽然当上了太子，但其实日子并不好过。明神宗不大喜欢他，郑贵妃也对太子位虎视眈眈，随时想“易储”。
万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。不仅朱赓收到了这份传单似的东西，之前一夜，已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，到处都有。《续忧危竑议》假托“郑福成”为问答。所谓“郑福成”，意即郑贵妃之子福王朱常洵当成。书中说：皇上立皇长子为皇太子实出于不得已，他日必当更易；用朱赓为内阁大臣，是因“赓”与“更”同音，寓更易之意。此书大概只有三百来字，但内容却如同重镑炸弹，在京城中掀起了轩然大波。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。
明神宗得知后，大为震怒，下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门立即搜捕，“务得造书主名”，第二次“妖书案”由此而起。
《续忧危竑议》中，指名道姓地攻击了内阁大学士朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑贵妃的帮凶。这二人大惊失色，除了立即上疏为自己辩护外，为了避嫌，不得不带罪在家。沈一贯老谋深算，为了化被动为主动，便指使给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和另外一名内阁大学士沈鲤与“妖书案”有关。
之所以要诬陷沈鲤，除了因为沈鲤与沈一贯一直不和外，还因为当时内阁只有三人——首辅沈一贯、次辅朱赓，以及沈鲤，沈一贯和朱赓均被“妖书”点名，只有沈鲤一个人榜上无名，独自主持内阁工作，自然，人们会理所当然地怀疑他。
而诬陷郭正域，一是因为郭正域之前与沈一贯因为楚王一事闹得很不愉快，二是同知胡化告发妖书出教官阮明卿之手，而阮明卿就是给事中钱梦皋的女婿。钱梦皋为了替女婿脱罪，需要找个替罪羊。郭正域不但是沈鲤的门生，而且是胡化的同乡，加上当时已经被罢官，即将离开京师，很有“发泄私愤”的“嫌疑”。
总而言之，沈一贯和钱梦皋联合起来诬陷沈鲤和郭正域，不过是挟嫌报复，但却由此引发一场大狱。
郭正域正要离开京师时被捕。巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时，又牵扯出名僧达观（即著名的紫柏大师）和医生沈令誉。达观和沈令誉都受到了严刑拷打，达观更是被拷打致死，但二人都未能如沈一贯所愿，牵扯出郭正域等人。
这里好重点讲一下东厂、锦衣卫和三法司（刑部、都察院、大理寺）的会审。为了让沈令誉服罪，事先做了不少布置。沈令誉奶妈的女儿只有十岁，也被叫到大堂作证。东厂提督陈矩（之前带吕坤《闺范图说》入宫的那位）问那小女孩：看到印刷妖书的印版有几块。那小女孩说：满满一屋子。陈矩听了忍不住大笑。《续忧危竑议》只有短短三百来字，顶多也就两张纸，哪来的一屋子印版。沈令誉的冤屈显而易见，由此对郭正域和沈鲤的诬陷自然也不能成立。
这个时候，有些人纷纷出来检举揭发，锦衣卫都督王之祯等四人揭发同僚周嘉庆与妖书有关，但不久就查明纯属诬告。案情越来越复杂。参与审讯的官员得到沈一贯暗示，想逼迫之前诬陷钱梦皋女婿阮明卿的胡化承认郭正域是妖书的主谋。胡化却不肯附和，说：“（阮）明卿，我仇也，故讦之。（郭）正域举进士二十年不通问，何由同作妖书？”
因为郭正域曾经当过太子朱常洛的讲官（老师），朱常洛听说此事后，对近侍说：“何为欲杀我好讲官？”这话相当有深意，诸人闻之皆惧。为了营救老师，朱常洛还特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪太子。加上没有任何证据证明郭正域跟“妖书案”有关，显而易见地是场大冤狱。后来正是由于陈矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。明神宗震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安。东厂、锦衣卫，包括京营巡捕，压力都相当大，京师人人自危，如此一来，必须要尽快找到一只替罪羊。
万历三十一年（1603年）十一月二十一日，妖书发现后整整十日，东厂捕获了一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。
皦生光本是顺天府生员（明朝的生员不仅是官学生，还是一种“科名”），生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。明人冯梦龙在《智囊全集》中记载了一则他的故事：有一乡绅为巴结朝中权贵，到处访求玉杯，想送给权贵做为寿礼，也曾托过皦生光。三天后，皦生光拿着一对玉杯求售，说这对玉杯来自官府，价值百金，现在只要五十金就行。缙绅很高兴的买下。没过几天，忽然卒吏匆忙的押着两个吵闹不休的人前来，再仔细瞧，原来是皦生光和一名宦官，皦生光皱着眉头说，前次卖给缙绅的玉杯本是皇宫中宝物，被宦官偷出变卖，现在事机败露，只有物归原处，双方才能平安无事。缙绅大为窘困，玉杯已送权贵无法索回，只好请皦生光想办法，皦生光面带为难色，过了许久才答应帮忙，他建议缙绅出钱贿赂宦官、衙门官员，或者能得以幸免。缙绅不得已，只有答应，于是拿出近千两银子。日后虽明知皦生光借机诈财，但也无可奈何。
不仅如此，皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集。皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。包继志根本不懂，便刊刻了诗集。皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语。包继志情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。
皦生彩揭发声名不佳的兄长后，皦生光之前的事迹全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将其屈打成招。
事情到了这个地步，本来就可以结案了，主审的刑部尚书萧大亨为了讨好沈一贯，想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光却表现出最后的骨气，在酷刑下始终没有牵连他人。他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了拷打，却都没有按萧大亨的意思招供。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的沈一贯、朱赓都不相信，他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。但急于平息事端的明神宗还是匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此而平，“妖书”的真正作者始终没有人知道。过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍人赵士桢之手。
赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。
赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾肉飞，声施当世”，时人争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带入宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召入朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，日常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。
赵士桢为人慷慨有胆略，交游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺情”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏干连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途入仕”名士。不过，他因“生平甚好口讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少人，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍人，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经精神错乱，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。
但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有人知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。
明末的一大疑案。共分为两次，第一次发生于万历十八年（1590年）。第二次发生在万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，这一案件虽然不了了之﹐却充分暴露出明末朝廷中党争的激烈。
其实就是太子之位的废立之争
其实是神宗郑贵妃希望借妖书案废了太子朱常洛让自己的儿子福王朱常煦成为太子
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