有区别，ん・のです。表示解释说明，表示一个事情。第一句说的是一件事。
而第二句只是一个描述句，主语（头）助词ga，疼是形容词。所以这两句诗有区别的。假如问どこが痛いですか。回答应该是头が痛いです。问的是哪儿疼。回答强调头。どうしたんですか。问怎么了，问的是一个事情。所以回答头が痛いんです。说的是这件事。你懂了吗？
反驳楼上的意见，n的用法并不是口语式的。单纯的“痛いです”意思是陈述语气，我头疼。但是“痛いんです”的ん强调了委婉语气，意思是“我头很疼啊”，意思没变，但是语气变。这类句式用于委婉地向别人表达自己的意思，其中含有“抱歉，委婉，希望别人帮忙”等多种意味。もしなんの话言叶あれば、何でも闻いてね。日本语话言叶専攻ですから、よろしくね。
没有区别
第一个有解释说明的意思
而第二个就是陈述“头疼”的客观事实
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