协议离婚,夫妻共同财产分割已通过协议处理过了。除非双方同意对原夫妻共同财产再行分割,否则是不能重复处理的。变更孩子抚养权,涉及的抚养费的变更或调整,与原夫妻共同财产的分割没有必然的因果关系。参照《婚姻法》第三十九条:离婚时,夫妻的共同财产由双方协议处理;协议不成时,由人民法院根据财产的具体情况,照顾子女和女方权益的原则判决。
既然是协议离婚,你们又协议变更抚养权,那么你们也一并协商一下抚养费的问题,抚养费和抚养权一同变更为好。