大多数真核结构基因中的间插序列（interveningsequence）或不编码序列.它们可以转录,但在基因转录后,由这些间插序列转录的部分（也可用内含子这个术语表示）经加工被从初级转录本中准确除去,才产生有功能的RNA.基因的编码部分称外显子.内含子常比外显子长,且占基因的更大比例.真核基因所含内含子的数目、位置和长度不尽相同,如鸡卵清蛋白基因的外显子被7个内含子隔开,鸡卵伴清蛋白基因有17个内含子,α-珠蛋白基因有2个内含子,卵粘蛋白基因有6个内含子等. 内含子（Interveningregion）是一个基因中非编码DNA片断,它分开相邻的外显子.更精确的定义是：内含子是阻断基因线性表达的序列.DNA上的内含子会被转录到前体RNA中,但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除.在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子.真核生物的基因含有外显子和内含子,是前者区别原核生物的特征之一.
内含子在选择性剪接扮演重要角色,一个基因可以因此而产生多种不同的蛋白质.归根到底,是在剪接过程中同一段DNA,有时被看作外显子,有时则是内含子.
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