A、等位基因是指一对同源染色体的同一位置上的、控制相对性状的基因，A正确；B、两条非同源染色体只有非等位基因，不含等位基因，B错误；C、两条姐妹染色单体上的基因是相同基因，不是等位基因，C错误；D、等位基因是指一对同源染色体的同一位置上的、控制相对性状的基因，D错误．故选：A．
