1、概念不同
商品房是指经政府有关部门批准，由房地产开发经营公司（个人、外国公司）向政府机关单位租用土地使用权期限40年、50年、70年开发的房屋，建成后用于市场出售出租
的房屋，包括住宅、商业用房以及其他建筑物。商品房又称“大产权房”。
自建房是泛指拥有自有土地的单位和个人，自己组织并通过雇佣他人施工，而建造的房屋和建筑。不能在城镇规划区外或建设用地范围建房。
2、土地性质不同
自建房要看土地性质而定，分为农村集体用地宅基地自建房和国有土地拍后自建房；符合上市交易的商品房是国有土地出让。
3、报建审批程序不同
农村是集体所有制土地，你是本村的人，就有土地所有权，村集体同意，国家土地部门备案后，你就可以自建房。商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。
4、建设方不同
自建房是由自己出钱自己建自住的；商品房则是由开发商或其他建设方建设，合法的商品房是可以上市交易的，由他人购买后形成产权交易。
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