付款单位和发票开票单位不一致，双方应该协调沟通，发票接收公司部是付款公司，需要发票公司出具说明由其他公司代付，需要重新签订协议，三方协议上要清楚的说明货物由谁配送，发票由谁提供，款项支付给谁。
发票是指一切单位和个人在购销商品，提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关，税务机关执法检查的重要依据。收据才是收付款凭证，发票只能证明业务发生了，不能证明款项是否收付。
普通发票的开具有以下几点：
1、在销售商品、提供服务以及从事其他经营活动对外收取款项时，应向付款方开具发票。特殊情况下，由付款方向收款方开具发票；
2、开具发票应当按照规定的时限、顺序、逐栏、全部联次一次性如实开具，并加盖单位发票专用章；
3、使用计算机开具发票，须经国税机关批准，并使用国税机关统一监制的机外发票，并要求开具后的存根联按顺序号装订成册；
4、发票限于领购的单位和个人在本市、县范围内使用，跨出市县范围的，应当使用经营地的发票；
5、开具发票单位和个人的税务登记内容发生变化时，应相应办理发票和发票领购簿的变更手续；注销税务登记前，应当缴销发票领购簿和发票；
6、所有单位和从事生产、经营的个人，在购买商品、接受服务，以及从事其他经营活动支付款项时，向收款方取得发票，不得要求变更品名和金额；
7、对不符合规定的发票，不得作为报销凭证，任何单位和个人有权拒收；
8、发票应在有效期内使用，过期应当作废。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发〔1995〕192号条款失效）第一条（三）购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
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