第一次：
练玉女心经被尹志平等人打扰，走火入魔，为不违背孙婆婆之誓，小龙女欲在死前把杨过杀了，杨过逃到钟南山下
（杨过担心小龙女，欲回古墓，加上遇到洪凌波与李莫愁，只能回到古墓，两人重聚）
第二次：
被尹志平玷污后，小龙女离开了
（丐帮大会上重聚）
第三次：
丐帮大会后，恋情不被众人接受，加上黄蓉劝说，小龙女离开
（绝情谷重聚）
第四次：
襄阳有难，两人前往救急，顺便取郭靖、黄蓉人头换解药。在树林中为阻止武家兄弟的内斗，只能说自己喜欢郭芙，被小龙女听见，产生误会。后小龙女知道玷污自己的是尹志平，又认为杨过喜欢郭芙，所以离开了
（重阳宫重聚）
第五次：
杨过为小龙女疗伤时，小龙女被郭芙的毒针打中，两人隐居。后遇到一灯和慈恩，得知天竺僧，朱子柳被困绝情谷，于是四人共同前往绝情谷。小龙女为让杨过服下情花毒的解药，小龙女自知伤重不治，怕杨过伤心陪自己一起死，于是在绝壁下留书：十六年后，在此相会，夫妻情深，勿失信约。
黄蓉安慰杨过，说是小龙女被南海神尼带走，十六年后会回来跟他相见。
共计五次分离
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