新一变柯南TV1-2集
新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下，变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。
服部识破柯南身份TV59-60集
通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉枪对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。两人正式成为好基友。
雪莉出场TV135-141集
琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法，雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。期待青山最后能填上这一个坑。
再会琴酒TV176-178
琴酒接到组织的任务杀掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了窃听器，上车不久后，琴酒就发现了窃听器和一根啡色的头发，啊！雪莉！匹斯可顺利的杀死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。啊！雪莉！赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。
人鱼篇TV241-243集
这一系列看似平常，实则不然，我认为这是青山挖下的一个大坑，至今还没填上。柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，有网友猜测，这两个名字就是琴酒和伏特加的真名。
纽约篇TV308-310集
新一和小兰救下了假扮成杀人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。
板仓卓的日记TV332-336集
半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。这是青山挖下的又一大坑。软件是什么？要复活的死人是谁？软件和长生不老有什么关系？等待青山为我们填坑吧。
宫野志保的录音带TV363-366集
贝姐发现灰原哀的真实身份，灰原哀在厕所里找到了宫野艾莲娜留下的录音带。重点是录音带的内容，录音带的前18卷提到了爱莲娜正在研究一种药物，什么药呢？大概率就是A药，剩下的两卷还为出现，我猜测就是爱莲娜说的关于自己的事情。宫野夫妇难道真的死亡了？
满月篇TV371-375集
朱蒂发现了贝尔摩德就是沙朗温亚德，想借此除掉她，却不料被贝姐反打一波，命悬一线的时候，赤井秀一出来向贝姐开了一枪，虽说有防弹衣的保护，但还是被打断了三根肋骨。情急之下的贝姐挟持柯南逃跑，柯南在身上装了收讯装置，监听到贝姐和BOSS联系的邮箱声音。贝姐发现后用催眠瓦斯让柯南睡着，而自己这用手枪打自己保持清醒，柯南醒来后发现装置都被破坏，而身上则盖着贝姐的衣服。啊！贝姐啊，比有希子对柯南还好。
黑色的冲击TV459-463集
组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止。
黑色的影子TV502-505集
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。
红黑篇TV538-551集
非常非常经典的一个主线篇，水无伶奈执行任务返程后出车祸被FBI救下，期间发现水无伶奈的真实身份是CAI的成员，是在黑衣组织的卧底，也确认了本堂瑛佑和水无伶奈是姐弟关系。琴酒尽力了，没法打！琴酒设计找到了水无伶奈并且最终成功营救水无伶奈，但是回到组织的水无伶奈似乎被怀疑忠诚度，于是琴酒要求她约出赤井秀一并杀死他，水无伶奈按照要求杀死了赤井秀一。（这也是柯南的设计）
列车篇TV753-756集
组织发现雪莉乘坐了这一趟的列车，并计划杀死雪莉，派出贝姐和波本来执行这一次任务，但满身是挂的柯南早就看穿了这一切，联系怪盗基德假扮雪莉，期间柯南一行人救下灰原哀。列车到站之后，贝姐发现雪莉还活着，但是贝姐并没有向上报告，波本也开始怀疑赤井秀一死亡的真实性！
世良真纯巧妙的安排TV812-813集
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
绯色篇TV779-783集
非常关键的主线篇，上承列车红黑篇，下接朗姆篇。波本为了验证自己的怀疑，联手贝姐调查赤井秀一假死的事情，波本的疑虑得到了验证，赤井秀一确实还活着，但并不知道就是以冲矢昴。绯色篇的结尾出现了经典的红茶游戏，三个骷髅头杯垫最后都消失了。这么大一个主线篇在结尾放这么一个桥段必有用意，最后赤井秀一展示了水无伶奈发来的RUM的消息。
领妹出场TV839-840集
“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领域外的妹妹”表示柯南未必符合她的期待。
扩展资料：
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
参考资料：名侦探柯南_百度百科
主线剧情有以下集数：
1、新一变柯南
TV1-2集
新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。
变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。
2、服部识破柯南身份
TV59-60集
通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉枪对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。两人正式成为好基友。
3、雪莉出场
TV135-141集
琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法。
雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。
中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。
4、再会琴酒
TV176-178
琴酒接到组织的任务杀掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了窃听器，上车不久后，琴酒就发现了窃听器和一根啡色的头发。
匹斯可顺利的杀死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。
赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。
5、人鱼篇
TV241-243集
柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，这两个名字可能是琴酒和伏特加的真名。
6、纽约篇
TV308-310集
新一和小兰救下了假扮成杀人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。
7、板仓卓的日记
TV332-336集
半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。
8、宫野志保的录音带
TV363-366集
贝姐发现灰原哀的真实身份，灰原哀在厕所里找到了宫野艾莲娜留下的录音带。重点是录音带的内容，录音带的前18卷提到了爱莲娜正在研究一种药物，大概率就是A药。
9、满月篇
TV371-375集
朱蒂发现了贝尔摩德就是沙朗温亚德，想借此除掉她，却不料被贝姐反打一波，命悬一线的时候，赤井秀一出来向贝姐开了一枪，虽说有防弹衣的保护，但还是被打断了三根肋骨。
情急之下的贝姐挟持柯南逃跑，柯南在身上装了收讯装置，监听到贝姐和BOSS联系的邮箱声音。
贝姐发现后用催眠瓦斯让柯南睡着，而自己则用手枪打自己保持清醒，柯南醒来后发现装置都被破坏，而身上则盖着贝姐的衣服。
10、黑色的冲击
TV459-463集
组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止
11、黑色的影子
TV502-505集
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。
12、红黑篇
TV538-551集
非常非常经典的一个主线篇，水无伶奈执行任务返程后出车祸被FBI救下，期间发现水无伶奈的真实身份是CAI的成员，是在黑衣组织的卧底，也确认了本堂瑛佑和水无伶奈是姐弟关系。
琴酒设计找到了水无伶奈并且最终成功营救水无伶奈，但是回到组织的水无伶奈似乎被怀疑忠诚度，于是琴酒要求她约出赤井秀一并杀死他，水无伶奈按照要求杀死了赤井秀一。
13、列车篇
TV753-756集
组织发现雪莉乘坐了这一趟的列车，并计划杀死雪莉，派出贝姐和波本来执行这一次任务，但柯南早就看穿了这一切，联系怪盗基德假扮雪莉，期间柯南一行人救下灰原哀。
列车到站之后，贝姐发现雪莉还活着，但是贝姐并没有向上报告，波本也开始怀疑赤井秀一死亡的真实性！
14、世良真纯巧妙的安排
TV812-813集
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
15、绯色篇
TV779-783集
非常关键的主线篇，上承列车红黑篇，下接朗姆篇。波本为了验证自己的怀疑，联手贝姐调查赤井秀一假死的事情，波本的疑虑得到了验证，赤井秀一确实还活着，但并不知道就是以冲矢昴的身份或者。
绯色篇的结尾出现了经典的红茶游戏，三个骷髅头杯垫最后都消失了。最后赤井秀一展示了水无伶奈发来的RUM的消息。
16、领妹出场
TV839-840集
“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领域外的妹妹”表示柯南未必符合她的期待。
扩展资料：
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
他所了解的谜团重重的黑衣组织，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，江户川柯南以另一种身份开启了一段新生活。
参考资料：百度百科-名侦探柯南主线剧情简介
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道
井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
扩展资料：
名侦探柯南剧情：
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下药变小)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）
004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
130竞技场无差别恐吓事件（前篇）（灰原说：“工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。”）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器）
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克莉斯·宾亚德）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克莉斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
290 迷途森林中的光彦(后篇)（提到沼渊己一郎是组织成员一事）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律）
394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向(前篇)
485 黑色照片的去向(后篇)
最精彩的一个系列，不可不看
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了……）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件）
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案）
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
616-621 伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
623 紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉）
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）
648 侦探事务所笼城事件（爆发）（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持，事态危急）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）
650 侦探事务所笼城事件（解决）
651 柯南VS平次东西侦探推理对决（FBI的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生，显得更加可疑）
658 巧克力的火热陷阱
663 追寻秋山甲
664 名犬Cool的功劳Ⅱ
665 疑惑的姓名首字母K
666 雨夜的恐吓犯
669 黑暗塔的秘宝（前篇）
670 黑暗塔的秘宝（后篇）
677 没有脚印的沙滩
678 长崎谜之剧场（幕末篇）
679 长崎谜之剧场（现代篇）
680 仙人掌狂想曲
686 装载了定时炸弹的汽车
687 谁都解不开冰冻的圈套
688 高木警官捡到3000万
689 来自委托人的留言
701 漆黑的特快（发车）
702 漆黑的特快（隧道）
703 漆黑的特快（交叉）
704 漆黑的特快（终点）
705 密室中的柯南（上集)
706 密室中的柯南（下集) （在波本面前解谜）
这是目前1000集内的主线集数。文字发不出来就截图了，然后集数的划分为日本本土版和海外拆分版，我们这边是拆分版，所以以这个版本的集数为准。
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