湄洲港包括湄洲湾北岸秀屿港区和湄洲湾南岸肖厝港区。湄洲湾岸线总长289公里，其中莆田市辖区内岸线127公里，泉州辖区162公里。天然深水岸线达10多公里，整个湾区泉州56%。
秀屿港
秀屿港地址位置为东经118°59，北纬25°1330，是“中国少有，世界不多”的天然深水良港，1995年被国务院批准为对外开放的一类口岸，是台湾海峡两岸人流、货流的重要口岸。目前湄洲湾秀屿港拥有万吨级杂货码头、三千吨级集装箱码头、三千吨级液体化工码头、一千吨级煤炭浮舟码头、湄洲岛三千吨级对台客运码头各一座.客运码头年设计吞吐能力20万人次，可接待台胞从台湾直航来湄洲岛妈祖庙进香朝拜。2001年建成并投入试生产的省市重点项目湄洲湾3．5万吨级码头，长304米、前沿水深13．85米，年设计吞吐能力110万吨(含集装箱3万TEU)。2002年港口吞吐量为243万吨外贸货物吞吐量161．8246万吨，国际集装箱吞吐量7919标箱。 港区基础设施条件齐备，海关、边检、出入境检验检疫等口岸联检机构已建立健全，秀屿联检大楼已竣工投入使用，港口的保安、医护、通讯、接待等服务条件也已具备。这些软硬环境的日臻完善，为港口的全面快速发展奠定了坚实的基础。 湄洲湾秀屿港是福建省重点开发建设的三大重点港口之一，“九五”、“十五”、十一五“期间还将进一步开发泊位群体。
肖厝港
肖厝港位于泉州市泉港区，是湄洲湾南岸天然良港。
泉港交通局有关负责人表示，肖厝港原本就是朝“大港口、大物流”的一
类口岸目标规划的，在被列为直航港口后，将加快福建石化产业与台湾石化产业的的对接，大大发挥肖厝港的功能优势。
泉港区是未来福建省乃至全国的石化产业最主要聚集地，福建省“炼化一体化”项目就落户于此，当地政府已把该区的发展定位为“石化港口城市”。
泉港区交通局这位负责人表示，一大批石化中下游项目纷纷落户投产，必将促进该区运输业尤其是海运的快速发展和石化产业的发展，也将大大促进肖厝港的建设和发展。“肖厝港在功能上，与厦门港口有所不同。肖厝港铺设了大量的管道，它在油品运输上有独特的优势；而厦门港则以集装箱运输为主。”两岸“三通”后，台湾的产业、资金、技术加速西移，作为福建省石化龙头基地，肖厝港在对接台湾石化和物流产业转移等方面有很大作为空间，将成为对台石化合作的前沿平台。
据了解，近些年来，先后有20多家台湾石化企业前来泉港投资考察。
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