黄芩基本不含生物碱其主要有效成分为黄酮类化合物，主要为黄芩甙（baicalin）, 黄芩素（baicalein）, 汉黄芩甙（wogonoside）, 汉黄芩素（wogonin）, 7-甲氧基黄芩素, 7-甲氧基去甲基汉黄芩素, 黄芩黄酮Ⅰ, 黄芩黄酮II主要为黄芩甙药用黄芩含黄芩甙约9%
