你与老板属劳务关系。交通事故你是第一责任人。但你所驾驶车辆属公司或单位公共车辆,老板作为公司或单位的第一责任人有义务管理好车辆的运行和驾驶员的把关。你已对你交通事故责任进行了赔偿。你给公司造成的损失要看你是否在损坏车辆行为上有明显过错!如果有他可以要求你进行赔偿车损。但是他还是有一定得监管责任。也就是说在你们车损的赔偿上。老板多少还是有点责任。扣工资的做法肯定是不正确的。但你没任何告他交通肇事罪!。你可根据你在此次事故中责任比例与老板协商赔偿事宜。但基于你前一全额赔偿事故当中对方损失。这部分损失你老板也是有义务赔偿一点的。你方车损损失不大的话你可以少赔一点。他扣你工资你可以提起劳动仲裁。事故赔偿可以起诉到法院。
综合考虑建议与老板协商 你方车损部分各担一半。你给他现金他给你发工资!
老板承担主要责任,建议你们还是通过法律途径解决。