办理食品生产经营许可证的流程为:一、取得个体工商户营业执照;二、填写食品经营许可证申请表;三、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证;四、去当地市场监督管理局提交申请资料;五、市场监督管理局工作人员审核资料并实地考察。六、检查合规之后领取许可证。