首先区分减数第一次分裂，这个阶段同源染色体有特殊的行为：联会（即彼此配对，此时属于第一次分裂前期）、同源染色体的着丝点分别排列在赤道板两侧（属于第一次分裂中期）、同源染色体彼此分离（第一次分裂后期）。一般根据形态大小是否相似来判断是否同源染色体（但不是绝对的依据）。
第二次分裂中第一条染色体的行为与有丝分裂相同，但区别是（仅以二倍体为例）减数第二次分裂过程中没有同源染色体了（因为第一次分裂结束后分离了）。在图示中通常依据形态和大小来区分是否同源染色体（但注意这不是唯一的依据，同样也不是绝对的）
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