一分子氨基酸的α－羧基和一分子氨基酸的α－氨基脱水缩合形成的酰胺键，即-CO-NH-。分子量为43。氨基酸借肽键联结成多肽链。
是蛋白质分子中的主要共价键，性质比较稳定。它虽是单键，但具有部分双键的性质，难以自由旋转而有一定的刚性，因此形成肽键平面（图2－3），则包括连接肽键两端的C═O、N－H和2个Cα共6个原子的空间位置处在一个相对接近的平面上，而相邻2个氨基酸的侧链R又形成反式构型，从而形成肽键与肽链复杂的空间结构。一条多肽链的一端含有一个游离的氨基,另一端含有一个游离的羧基.所以,一般肽链中形成的肽键数比氨基酸分子数少一个。
每两个分子的氨基酸脱水缩合反应成一个肽键失去一个水分子，肽键数等于失去的水分子数等于氨基酸数减形成的肽链数。
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肽键数 = 氨基酸数 - 肽链数
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