严格意义上的“司法机关”仅指法院，主要履行审判职能。
我们所说的司法局实际上是“司法行政机关”，主要履行法制宣传、律师公证、人民调解、安置帮教等职能。
要说司法助理员，先得从司法所说起，司法所是区县司法局在乡镇一级的派出机构，和派出所是同一个级别。那么，司法助理员就和派出所的民警是一样的，占政法专用编制，肯定属于公务员。
各地人事部门在协助招录公务员时，习惯把司法局称为司法机关，实际上这是不妥的。您所说的“基层司法部门”应该是司法所，如果有异议，建议咨询当地人事部门。
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