CTAB法原理 CTAB(hexadecyltrimethylammonium bromide,十六烷基三甲基溴化铵),是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,去除蛋白,多糖,酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
CTAB提取缓冲液的经典配方
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;
EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性;
NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离;
β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合,有效去除多糖。
用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?
使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。
使用酚的优点:1.有效变性蛋白质;2抑制了DNase的降解作用。缺点:1.能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。2.不能完全抑制RNase的活性。
氯仿的作用?
氯仿:克服酚的缺点;加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提:去除核酸溶液中的迹量酚。(酚易溶于氯仿中)
用酚-氯仿抽提细胞基因组DNA时,通常要在酚-氯仿中加少许异戊醇,为什么?
异戊醇:减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。异戊醇可以降低表面张力,从而减少气泡产生。另外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
用乙醇沉淀DNA时,为什么加入单价的阳离子?
用乙醇沉淀DNA时,通常要在溶液中加入单价的阳离子,如NaCl 或 NaAc,Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀。
简言之,无论哪种抽提方法,药品的作用基本都是一样的。
CTAB法是一种快速简便的提取植物总DNA的方法,
其原理是:采用机械破碎 植物细胞,然后加入CTAB分离缓冲液将DNA溶解出来,再经氯仿-异戊醇抽提除去蛋白质,最后得到DNA。
CTAB法的版本有很多,不 过大同小异。以下是我使用的方法:
1.将植物组织洗净,用75%的酒精表面消毒4-5min,用去离子水冲洗3次;
2. 将样品放在灭过菌的研钵中,加入液氮捣碎,迅速转入1.5ml离心管中,加入600mlCTAB(或同时加入石英砂和CTAB研磨,然 后转入1.5ml离心管中);
3. 65℃水浴1h(每20min反转摇匀一次);
4. 加等体积的氯仿-异戊醇(体积比24:1),或加入苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),颠倒混匀;
5. 6500rpm离心30min,取上清于新管中;
6. 重复4,5步骤;
7. 向上清中加入2倍体积的无水乙醇(或2/3体积的异丙醇)沉淀DNA,-20℃放置20min或更长时间,或过夜;
9. 加75%的乙醇清洗DNA,每次12000rpm 2min,去上清;
10. 风干后加入40ul的TE缓冲液溶解DNA;
11. 取2ul溶液电泳检测