1.倾斜角效影响图像因素
由于二次电子的发射是入射电子碰撞样品的海外电子，使原子外层受激发而电离出来的电子， 且电子在逸出样品表面之前又和样品进行多次散射，所以只要在样品浅层几纳米到几十纳米组偶偶深度区域产生的二次电子才能逸出表面，被探测器收集到。因此电子束的入射角将影响二次电子图像的反差。
2.边缘效应
在样品边缘和较短部位摄入一次电子时。由于尖端和边缘的二次电子容易脱离样品，所以产生二次电子数量多，图像异常明亮，称为边缘效应。边缘效应造成反差不自然，降低图像质量。若降低加速电压，减少二次电子的发生量，或减少对比度。就可以使边缘效应相对减轻。
3.原子序数效应
原子序数高的元素被激发的二次电子多，原子叙述地的元素则少。因此，在同等条件下，前者图像明亮，这种现象成为原子序数效应。原子序数效应与被散射电子在样品中的激发作用有关。在观察生物样品时，在样品表面均匀喷镀一层原子叙述高的金属膜，可提高图像质量。
4.充放电效应
生物样品大多数是高绝缘性的，入射电子不能在样品中构成回路倒入大地，堆积在样品上的入射电子形成负电荷区，产生放电现象或排斥后续入射电子，使其被检测器吸收或者轰击样品室其他部件，严重应先二次电子图像质量，如采用镀膜，导电胶黏贴样品等导电处理，可减少充放电效应的影响。
5.焦点深度
所谓的焦深是指对高低不平试样各部分聚焦的最大限度的能力。它是扫描电镜中一个重要的和可控的性能指标，是影响整幅图像各部位清晰度的一个重要因素。随着图像的放大倍数增加，其焦深受束斑尺寸的影响越来越显著。在高倍放大时，要得到较大的焦深，就要选择大孔颈的物镜光阑，或者缩小工作距离进行观察。
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