克隆载体主要是用来进行DNA的重组、目的基因的分离和纯化等等。而表达载体主要是进行目标基因的真核或者原核表达。两种载体的用途不同各有优势，如果你想要做蛋白的表达，那么就选用表达载体比较好。
克隆载体只是为了分离得到某个基因，表达载体是为了目的基因表达，各有实验目的，用途不同，所以无法比较
