我是大学毕业生，最近在弄那个就业协议啊，公司的章是盖了，可是去人事局盖章，人事局不承认的章

你说的是三方协议上的“用人单位上级主管部门或所属地人事局签章”栏的事情吧？该栏是由签约单位负责办理。
1、若签约单位是机关、事业单位的，由于受单位编制、公开招聘程序等问题的约束，这些单位在签收应届毕业生时，需要由所属人事局审核盖章同意（把关是否超编、招聘程序是否合规等）。机构改革后，需要到所属人力资源和社会保障局盖章。
2、具有档案管理权的大型企业集团或垂直管理的行业，在下属具有独立法人资格的孙、子公司自行招聘人员时，需要经过上级主管部门的审核同意，需要集团公司或公司总部人力资源部门盖章。
3、没有档案管理权的非公企业，在接收大中专毕业生时，必须委托属地的人才中心作为其人事代理机构（接收、代存毕业生档案），可以把人才中心看做是非公企业的上级人事主管部门，要盖人才中心的章。
离校前签署就业协议的，离校时档案寄转到签约单位或单位开户的人才中心；离校前未签署就业协议的，打回生源地的市级毕业生就业管理主管部门。

那个就业协议其实没什么用处，也就是学校为了证明他们的就业率，不签也没事。如果不签的话你的档案就会被转往你的户籍所在地，你也可以找个档案托管处，每年交一定的托管费就可以啦

你改的那个公司的章是正规公司的吗，有营业执照之类的吗？
档案可以转到当地的就业办，一般不收费，或者有人事代理，人事代理是要收费的，一年大约要二百左右。