南京农业大学理学院成立于1996年，是南京农业大学数理化学科的教学与学术研究的主要单位。学院现设数学系、物理系、化学系和物理教学实验中心、化学实验教学中心，两中心均为江苏省基础课实验教学示范中心。
学院现有信息与计算科学、应用化学、统计学三个本科专业；数学、化学两个硕士一级授权点，生物物理、应用化学、化学工程等三个二级硕士授权点；天然产物化学和生物物理学两个博士授权点。学院下设6个基础研究与技术平台，分别为农药学实验室、理化分析中心、农产品安全与质量检测中心、农药创制中心、应用化学研究所和同位素实验室。
2011年，我院农药学实验室（与植保学院共建）获批江苏省高校重点实验室；2016年，我院化学学科获批江苏省重点（培育）学科。理学院现已成为公共基础教育与专业教育相结合、本科生培养与研究生培养并重、教学与科研协调发展的学院。
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