1、基因通过控制蛋白质的结构来直接控制生物的性状。

不是一样的，控制蛋白质的结构来直接控制生物的性状时产生结构蛋白，而通过控制酶的合成，影响代谢，进而控制生物的性状可能是通过所合成的酶来催化其他反应和合成其他物质（脂质，多糖等等），所以说是不同的

酶是蛋白质啊，也是由最初的基因表达出来的，一对一的关系，所以是机制控制了。
基因还可以表达一些其它产物，如激素，维生素等等，这些都有可能影响酶在表达过程中的变化，所以是间接的。这些其它物质就属于中间物质了！

两个方式不同，虽然大多数酶都是蛋白质，但他们产生效应的过程不同，蛋白质是直接控制人的生命活动，但是酶是通过影响兴陈代谢间接控制生物性状

一类是类似豌豆的圆粒与皱粒、白化病和侏儒症等实例，说明基因通过控制酶或激素的合成来控制细胞代谢过程，从而控制生物性状
一类是类似囊性纤维病、镰刀型贫血症等实例，说明基因通过控制结构蛋白的合成，从而直接控制性状。

性状可以理解为长得样子。比如双眼皮，基因可以直接控制蛋白质的合成长出双眼皮，这就是直接的。如果基因控制长出单眼皮，另外的基因还可以合成酶，分解一些蛋白质，形成双眼皮。这就是间接。 当然，这只是帮助理解的例子，实际的单双眼皮情况可能不是这样的。