红警3中为什么要用旭日帝国来代替日本？为什么不直接用日本的真实国名呢

游戏背景设定的。
EA公司设定背景中日本并没有被盟军和苏联彻底消灭转而寻求苟生，苏联利用时光机器杀死了盟军的最高科学家亚伯特爱因斯坦。
从此盟军开始在战场上节节败退，而苏联开始踏平被盟军占领的领土，阿拉斯加，加拿大，德国，土耳其，蒙古，都成为苏联蹂躏的地方，美国的灰熊坦克已经无法满足前线现场的需要，英国公司制造出一款全新的功能坦克—守护者坦克，虽然他们不敌苏联的铁锤，但是他们红外线照射可以大大加强威力让苏军坦克变得不堪一击。
就在两个阵营交战火热时岛国日本开始迅速崛起，在天皇的率领下日本不宣而战进攻苏联拿下库页岛，中国的东北地区和美国太平洋众多地区，原二战的旭日帝国重新升起。
每个版本的结局都是以盟军胜利告终，所以旭日帝国终究是要毁灭的，

旭日帝国是指第二次世界大战中未被消灭的日本法西斯在未来建立的一个企图称霸世界的国家，因为游戏的背景是在二战后几十年，由于日本未被消灭而与盟军、苏军争霸的故事。。
旭日帝国：一个拥有强烈明族主义情绪，对信仰表现出狂热忠诚的民族，旭日帝国的武士们可以毫不犹豫的为天皇和帝国的荣耀奉献自己的生命。旭日帝国的士兵严格遵守纪律，配备大量未来风格的武器装备以及各种冷酷无情的战术。旭日帝国的海军拥有强大的实力，而他们在战场上大量投入使用的两腿萝卜也令敌人闻风丧胆！

个人猜测：这个游戏出是在近几年，而近几年美国与日本的外交较好。美国人为了避免不必要的外交问题，就虚设了代替日本的旭日帝国。

旭日帝国就是大日本帝国

这只是国号，其实就是日本。