出关肯定是没有任何问题的，谁看你什么原因回国啊，只看你的签证有效期过没过、机票买没买。
没必要注销在留卡，反正也不用办理再入国，如果可能，签证仍然有效，还可以随时去。前提是雇佣企业允许。
不会因为这个影响再次申请，包括旅游。现在和将来，中国人就是日本人的大爷。
如果你现在持有国际业务和人文知识的3年工作签证，不提交在留卡和签证的话，3年内日本出入自由。
但在离开日本时，最好去入管局办一个再入国，那么年内出入不用重新申请签证。
你甚至可以在日本找一份新的工作。
建议你如果还想留在日本，就多了解一下日本的出入境法律法规。
不清楚~
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