都是DNA，但
位置不同：拟核DNA在拟核；质粒DNA在拟核之外
分子量不同：拟核DNA大；质粒DNA小
作用不同：拟核DNA是细菌的主要遗传物质，包含细菌生命活动的遗传信息，没有了它细菌就无法存活、繁殖；质粒DNA是附加的遗传物质，使细菌表达一些特殊的形状，没有了它细菌依然可以正常生活、繁殖。
拟核就是指原核细胞中一条线状的DNA所在的区域，DNA不与蛋白质结合，是裸露的。原核细胞中的拟核没有核膜、核仁、染色体。而质粒是原核细胞中的一种小型的环状DNA，分布在细胞质中。
拟核中的dna是同蛋白质结合在一起的，也就是染色质形式存在
质粒是一个dna环
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