电脑中毒，每个文件夹都出现快捷方式并且产生一个microsoft文件夹快捷方式

楼主描述的这个现象符合病毒特征，就是病毒问题。而且涉及wscript.exe，这个确实是系统文件，而病毒是利用脚本跑的vbs病毒，楼主把瑞星升级到最新版，再查杀一遍，如果还无法查到病毒，看一下以下方案：
1、如果是局域网环境，请断网后重新杀毒。如断网后杀毒不再出现杀毒总杀总有的情况，说明病毒是通过局域网传播，请用户全网进行杀毒，并在全网系统中打系统补丁。
2、如果断网杀毒仍出现总杀总有，或本身为家庭用户单机上网的情况，说明计算机内是有未知病毒体不断释放该病毒文件导致。需要给瑞星工程师上报瑞星听诊器日志信息和瑞星杀毒历史记录的日志备份文件，以便瑞星工程师协助分析处理。
关于以上提到的瑞星听诊器的使用方法请参考：http://zhidao.ikaka.com/Aspx/Html/StaticHtml/308/308356.html

1.制作winpe启动盘。（windows7需要4G以上的U盘，Windows XP则需要2G以上U盘）下载安装老毛桃制作启动盘，按提示制作启动盘；
2.下载安装系统，ISO格式系统文件复制到U盘根目录，GHO格式系统文件复制到U盘GHO文件夹；
3.插入U盘，开机按F2/F10/F12/Delete（视主板而定）进入BIOS，把第一启动项的 First Boot Device 的【Hard Deice】改成USB并依次按F10—Y保存设置；
4.重启电脑后自动进入winpe系统，弹出安装系统后选择系统安装到C盘；
5.安装进度条完成后自动重启；
6.电脑完成安装进入桌面后重启电脑。开机进入BIOS把第一启动项的 First Boot Device 的【USB】改成Hard Deice并依次按F10—Y保存设置；
7.安装完系统后，下载安装驱动精灵并更新驱动程序。

进入安全模式杀毒 开机的按住F8 出选着菜单的时候选着安全模式 不过个人建议重装系统 因为中了破坏系统之类的病毒 大多数杀完毒后系统都会出现问题 相对重装就省事很多

以前遇到过一次类似的情况，是一种伪文件夹病毒，当时是先将系统重装，重装之后病毒暂时失效，然后再将其他盘里的伪文件夹一一删除（但不要打开这些东西，如果打开，病毒可能再次生效），希望对你有帮助！

恭喜你中毒了，用杀软狠狠的杀吧
实在不行，终极解决办法：装系统！装完以后先装杀软再杀毒