劳动合同和分公司签订，工资由总公司支付是没有问题的，但是社保，个税由地方支付，就有一定风险了，不知道你所说的这个第三方支付（社保办理）是以什么单位名义办理的，如果是以总公司名义办理，就没有多大风险。
社保和个人所得税，可以委托第三方代缴，但是手续是员工负责，还是公司负责。这个就必须搞清楚，劳动者要及时与公司沟通，如果是劳动者本人支付，那么必须反映到劳动局、工会、劳动争议仲裁委员会处理。
如果分公司和总公司的法定代表人是同一个人，是没有关系的
可以告的，只要你在公司上班，就等于说是跟公司建立了劳动关系
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