（1）尼罗河是条多泥沙河，年含泥沙1亿吨到1．5亿吨。尼罗河水泛滥时，有1200万吨泥沙沉积在三角洲农田中，是埃及农业的主要肥源。高坝建成后，三分之二泥沙在库中沉积，河水变清，农民必须增施化肥。加上复种指数提高，土壤肥力下降。由于微量元素减少，水果质量下降。淤泥减少，使得埃及建筑材料原料不足，要挖农田烧砖 ，每年破坏良田5000公顷左右。
（2）尼罗河三角洲沿海受来自西北方向的海潮冲刷。高坝建成前，每年有3000万吨泥沙沉积在三角洲沿海，起着平衡作用。河水清后，泥沙沉积减少。海潮冲刷海岸线，威胁沿海工农业生产和居民点安全。入海有机质减少后，埃及沙丁鱼产量下降。
（3）河水变清，流速加快，对河岸冲刷加强，河床下沉，要加固提防，保护岸边。长年灌溉，有些地段排水不畅，盐碱化现象加重。尼罗河失去一年一度的洪水冲刷，水道中草灾严重，钉螺增加。加上农民缺乏卫生习惯，血吸虫发病率在库区附近上升10倍，在三角洲地区也在上升
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