第一，农民的土地和宅基地，除近邻大中城市市郊或沿海发达地区的具有较大资产价值外，其他的多在偏远地区、甚至山区，且土地面积小，价值非常有限，比起农民在城市安家立业所需的资金而言是杯水车薪。所以，这一政策的主要受益者是城市市郊和沿海发达地区的农民，对大多数农民而言，利益比较有限。
第二，农民通过转让土地虽有现金收益，但由于他们大多没有一技之长，在城镇务工一旦失业，其赖以生存的土地也不复存在，将失去生活的退路。在给予他们相应的社会保障之前，将他们在农村生活的退路断掉，会给社会稳定埋下隐患。在上世纪90年代和二十一世纪初的十几年中，虽然各种农业税费偏高、农产品价格偏低，农民收入较低，但整体依然稳定，就是因为有自己的土地，温饱问题有保障。一旦大量的农民失去土地，在城镇又失业、基本生活保障受到威胁的时候，将容易引发社会问题。
第三，当资本进入农村收购土地和宅地时，考虑到基层官员中的腐败情况，一旦资本和腐败勾结，农村土地流转可能演变为资本与腐败的盛宴，在农村发起一场新的“圈地运动”，给农民和国家利益造成巨大损失。
第四，一旦企业主宰农业生产，农民失去土地、成为农业工资工人，将使他们失去自由安排农耕的权利，按农业企业的要求去农田里定点定时劳动，会打击农民自主生产的积极性。这也是当初“人民公社”的主要弊端。
第五，农产品价格将大幅上涨，损害城市居民的利益。当农业生产由农民各自进行，由于他们的生产分散没有规模、没有定价的权利，使得农产品价格可以长期按国家要求的低价收购。一旦农业土地和生产受资本控制，他们将形成一定的行业协会，利用自身的影响，左右农产品价格和供应，从而影响广大市民的“菜篮子”，增加通胀的压力。
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