复旦大学合并的是原上海医科大学，上海交大合并的是原上海第二医科大学。合并以前上医是卫生部直属高校，上二医是市属院校。上医的学术水平一直是和北医（现北大医学院）平齐的，预防医学比北医还要好。但是上二医是上海市属，所以拿的钱相对多一些。上医的附属医院是中山、华山领衔，上二医的是瑞金、仁济。
实际的排名，协和招生规模太小，不具可比性；北医、上医是一个档次，然后是上二医和中山，再后面是原华西医大（现川大医学院）、原同济医大（现华中科大医学院）、湘雅医学院（现中南大学医学院）等等。
另外，就招生分数而言，复旦医学院和复旦大学是一个分数线，而上二医的分数线是和交大分开招生的，比交大本部的分数线要低几十分。
复旦医学院大一在杨浦的复旦本部，之后都在徐家汇旁边的医学院校区；交大的是闵行东川路那边的闵行校区和市内卢湾区建国西路跟南北高架交界那里。
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