一个工程里面一般都是只有一个文件，否则编译时就不知道是哪个了。
在设计顶层文件时，我到是添加过多个文件到同一个工程中去步骤如下：
project---add/remove file toproject---点击“三个点”---找到你要添加的文件----add---确定，就好了。
回到主页面，在左上脚中点 files---device design files 中就可看到你添加的文件了。
我也是初学，也不很懂，不知道是不是你想要的，但上面的步骤只是在设计顶层文件时用到的
打开或新建一个工程后 选择菜单Project -> Add/Remove Files in Project浏览到那些文件 选中后点Add 这样就添加到同一个project里 之后需要编译
quartus
10.0之后的版本已经不再有功能、时序仿真
以前的波形在quartus
10.0之后的版本也只是显示成一个代码文件
现在一般使用第3方的仿真工具，如modelsim
如果你还是习惯quartus
自带的仿真工具，那只能换回9.1以前的版本
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