穿行测试是指追踪交易在财务报告信息系统中的处理过程，注册会计师选取一笔或很少几笔交易了解其如何生成、记录、处理和报告，采用询问、观察、检查等方面以确定是否与之前了解的一样，以及是否得到执行，通常是针对交易循环进行穿行测试。
如注册会计师选取一笔有代表性的交易，按交易的流程采用询问、观察、检查的方法来追踪这笔交易如何生成、如何记录，在交易流程的相关内部控制是如何控制这项销售交易的，从而判断内部控制是否和先前了解的一样。
控制测试指的是测试控制运行的有效性。控制运行有效性强调的是控制能够在各个不同的时点按照既定设计得以一贯执行。控制测试是为了确定被审计单位控制政策和程序的设计与执行是否完整与有效而实施的审计程序。
注册会计师在了解被审计单位的内部控制之后，只有对那些准备依赖的内部控制执行控制测试，并确信其得到正确的执行时，才能减少实质性测试审计程序，从而减少审计取证工作，提高审计工作的效率。
穿行测试应用在了解被审单位及其环境中，不应用在控制测试中。
穿行测试：是指确定内部控制是否有效执行；
控制测试：是指评价内部控制是否有效运行；
一个是注重过程，一个注重结果。
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