在五四新旧思潮激烈冲突中，知识界批评中医愚昧落后之声日渐高涨。1914年（民国3年）初，中医界纠合各地同业组成“医药救亡请愿团”向北京政府请愿，希望保存中医中药，但遭到了北京政府的拒绝。
1929年（民国18年）2月23日至26日，南京国民政府卫生部召开第一届中央卫生委员会，中央卫生会议最后通过之废止中医案《规定旧医登记案原则》。
该议案规定了废止中医之三条原则：甲：旧医登记限至民国十九年为止；乙：禁止旧医学校；丙：其余如取缔新闻杂志等非科学医之宣传品及登报介绍旧医等事由，卫生部尽力相机进行。
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在科学主义高扬的时代洪流中，只要中医理论在科学上没有根据，中医理论不能以科学来解释，也就无法得到科学的承认。得不到科学承认的中医，其存在的合理性、合法性便会受到怀疑，中医的生存危机便难以得到根本消除。
故此，在围绕中医存废之论争中，中医不合科学之特性已被充分揭示出来，政府及西医界以中医需要改良、中医需要科学化为由，向中医界施加强大压力，迫使中医向科学化迈进。
想废，但中医界联合反对，最后不了了之。
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