电脑一开机就会自动弹出CMD窗口,

　　如果出现这种情况，很不幸，99％是中了木马了。不过不妨继续验证一下，假定windows安装盘位于C:\，并且需要在文件查看选项中打开查看隐藏文件的选项和显示所有文件扩展名的选项，则查看c:\Program Files\Internet Explorer\PLUGINS\目录，会发现有new123.bak和new123.sys两个文件； 查C:\DocumentsandSettings\Administrator\LocalSettings\Temp\目录，会发现有MicroSoft.bat这个文件；可以用记事本打开MicroSoft.bat文件，发现其中提到一个exe文件（具体名称会有不同），也会在该目录下发现这个exe文件；
如果以上两步你并未发现相应文件，请将的文件查看改为不隐藏已知文件后缀，并在系统盘内进行文件搜索，确认是否的确没有相关的文件。

按照一楼的，或者有下面这种情况

开始菜单----》程序----》启动，删掉看到的文件就可以了。

或者通过电脑路径
C:\Documents and Settings\（用户名）\「开始」菜单\程序\启动

删掉启动下的所有快捷方式就OK

以上的方法正解，但我觉得你应当看看cmd运行的是什么程序，我想因当不会什么都不执行吧。看看是不是你熟悉的，如果不是那很可能就是病毒木马等了。(就算是你熟悉的，例如QQ，也不会开机执行cmd的)

如果从cmd窗口看不到执行的程序，那就在msconfig的里面看看调用的是什么路径

强烈建议msconfig后执行全盘病毒扫描，我非常怀疑你中了某种病毒和插件。

在运行里面打msconfig 把里面的CMD项去掉试试