049 外交官杀人事件(后篇)
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。
此时的服部已经有些察觉了……
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。当时，新一问小兰有关XXX的问题时，小兰还脸红了呢。然后，新一顺利的解决了事件。那么这就是最初的一页……
190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南~啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死~~于是坦白计划泡汤~~剧情得以继续下去~~同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
新一明白了在糀町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。结果破了案子，药效到了~~他差点哭出来……柯南看到兰跟前~“新一哥哥走了~”，兰开始哭~~“新一哥哥说~……”“我不听我不听……”~~“他说，希望你等他，就是死，他也会回来的……”
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
286 工藤新一NY事件(事件篇)
287 工藤新一NY事件(推理篇)
288 工藤新一NY事件(解决篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗·温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 (这也是毛利兰开始对新一有好感的开始，那个街头飞车的动作堪称经典)
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
437 上户彩和新一 4年前的约定(回忆)
柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。
之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事来拜托新一……
472 少年工藤新一的冒险（前篇）(少年)
473 少年工藤新一的冒险（后篇）(少年)
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战…
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪……
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学）
521 杀人犯 工藤新一★
柯南收到了一个叫屋田成人寄的信，约他到森林中的小木屋见面。不料，出门前，误食了药，本来应该是普通的感冒药，阿笠博士却拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解药。在小木屋中的柯南即将要变回工藤新一，在最后时刻，柯南跌入了湖中。让兰意想不到的是：眼前的新一竟然失忆了！和叶说带工藤去，没准可以让工藤恢复记忆。在一年前的现场，工藤、毛利、远山、服部等人遇到的屋田成人的同级生：水川萌生，以及东都新闻报社记者：河口深里。
次日，服部平次发现工藤新一不见了，然后竟然在一年前的案发现场找到了工藤。发现，工藤新一刺杀了河口深里……
522 新一的真正身份和兰的眼泪★
原来，真正的工藤新一并不是杀人犯。而假的工藤新一竟然是屋田成人（日原成人）整容的。工藤新一在森林的小木屋中，穿上了死罗神的衣服，在事件现场和大家见面，并揭开了事件的真相。的在事件最后，工藤新一意识到了自己要变回江户川柯南了，最后灰原哀给了工藤新一一粒APTX4869的解药，保住了秘密。在回来的高速公路，又遇见了一起杀人案件……
523 真正想问的事
新一他们超过的一辆车里面有个很奇怪的人，仔细一看，原来他死了！当新一随着平次要赶往命案现场时，小兰的脑海里显出了他们去游乐园的那次回忆……小兰抓着新一的衣服仿佛要说什么，但什么也没说出来……在谜团解开之际，那粒APTX4869的解药药效却只有4个小时，工藤新一刚想在变回柯南之前逃开，小兰却抓住了新一……
战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件
时间回到工藤新一初中时代，案件通过一只吉他盒展开……
剧场版
M7 迷宫的十字路口
柯南、服部二人推测出绑架远山和叶的地点。可是服部却受伤了，柯南向灰原哀要APTX4869的解药，恰好灰原哀没有带，所以，灰原哀说：先吃了阿笠博士做的药（可以感冒），然后喝下白干就可以了。最后，柯南变回了新一。
M11 绀碧之棺
柯南把氧气筒给了兰，但是自己却无法呼吸，在海下，兰又把氧气筒给了柯南。
上岸以后，柯南问兰为什么把氧气筒给了他。兰说，柯南的举动和新一很像。
记得在国二时，有一天下雨，兰急着要回家，新一看见了，就把雨伞给了兰。还对兰说，我可是侦探啊，所以，又多带了一把伞。最后，新一淋着雨回家了，还得了感冒。
第12场 战栗的乐谱
顺着战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件，兰回想起当时的情况。当时在河岸边唱歌的就是秋庭伶子老师，唱的是《天赐恩宠》。
4：柯南救兰
《引爆摩天楼》剧场版第一部
《瞳孔中的暗杀者》，剧场版第四部。
376 限时15时!
去露营的时候，兰被当作另一个女人，差点被杀掉，柯南救了她
当然， 哀也有帮忙
感觉还可以
294 爱与决心的必杀球（上集）
295 爱与决心的必杀球（下集）
兰救柯南
剧场版《通往天国的倒记时》
3:被看穿的最惊险的是03剧场版 世纪末的魔术师☆
江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
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黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
cv}8 2^_
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
1：http://tieba.baidu.com/f?z=22991648&ct=335544320&lm=0&sc=0&rn=30&tn=baiduPostBrowser&word=%BF%C2%C4%CF&pn=0 这算是完美的了。
2：049 外交官杀人事件(后篇)
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。
此时的服部已经有些察觉了……
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。当时，新一问小兰有关XXX的问题时，小兰还脸红了呢。然后，新一顺利的解决了事件。那么这就是最初的一页……
190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南~啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死~~于是坦白计划泡汤~~剧情得以继续下去~~同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
新一明白了在糀町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。结果破了案子，药效到了~~他差点哭出来……柯南看到兰跟前~“新一哥哥走了~”，兰开始哭~~“新一哥哥说~……”“我不听我不听……”~~“他说，希望你等他，就是死，他也会回来的……”
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
286 工藤新一NY事件(事件篇)
287 工藤新一NY事件(推理篇)
288 工藤新一NY事件(解决篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗·温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 (这也是毛利兰开始对新一有好感的开始，那个街头飞车的动作堪称经典)
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
437 上户彩和新一 4年前的约定(回忆)
柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。
之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事来拜托新一……
472 少年工藤新一的冒险（前篇）(少年)
473 少年工藤新一的冒险（后篇）(少年)
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战…
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪……
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学）
521 杀人犯 工藤新一★
柯南收到了一个叫屋田成人寄的信，约他到森林中的小木屋见面。不料，出门前，误食了药，本来应该是普通的感冒药，阿笠博士却拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解药。在小木屋中的柯南即将要变回工藤新一，在最后时刻，柯南跌入了湖中。让兰意想不到的是：眼前的新一竟然失忆了！和叶说带工藤去，没准可以让工藤恢复记忆。在一年前的现场，工藤、毛利、远山、服部等人遇到的屋田成人的同级生：水川萌生，以及东都新闻报社记者：河口深里。
次日，服部平次发现工藤新一不见了，然后竟然在一年前的案发现场找到了工藤。发现，工藤新一刺杀了河口深里……
522 新一的真正身份和兰的眼泪★
原来，真正的工藤新一并不是杀人犯。而假的工藤新一竟然是屋田成人（日原成人）整容的。工藤新一在森林的小木屋中，穿上了死罗神的衣服，在事件现场和大家见面，并揭开了事件的真相。的在事件最后，工藤新一意识到了自己要变回江户川柯南了，最后灰原哀给了工藤新一一粒APTX4869的解药，保住了秘密。在回来的高速公路，又遇见了一起杀人案件……
523 真正想问的事
新一他们超过的一辆车里面有个很奇怪的人，仔细一看，原来他死了！当新一随着平次要赶往命案现场时，小兰的脑海里显出了他们去游乐园的那次回忆……小兰抓着新一的衣服仿佛要说什么，但什么也没说出来……在谜团解开之际，那粒APTX4869的解药药效却只有4个小时，工藤新一刚想在变回柯南之前逃开，小兰却抓住了新一……
战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件
时间回到工藤新一初中时代，案件通过一只吉他盒展开……
剧场版
M7 迷宫的十字路口
柯南、服部二人推测出绑架远山和叶的地点。可是服部却受伤了，柯南向灰原哀要APTX4869的解药，恰好灰原哀没有带，所以，灰原哀说：先吃了阿笠博士做的药（可以感冒），然后喝下白干就可以了。最后，柯南变回了新一。
M11 绀碧之棺
柯南把氧气筒给了兰，但是自己却无法呼吸，在海下，兰又把氧气筒给了柯南。
上岸以后，柯南问兰为什么把氧气筒给了他。兰说，柯南的举动和新一很像。
记得在国二时，有一天下雨，兰急着要回家，新一看见了，就把雨伞给了兰。还对兰说，我可是侦探啊，所以，又多带了一把伞。最后，新一淋着雨回家了，还得了感冒。
第12场 战栗的乐谱
顺着战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件，兰回想起当时的情况。当时在河岸边唱歌的就是秋庭伶子老师，唱的是《天赐恩宠》。
4：柯南救兰
《引爆摩天楼》剧场版第一部
《瞳孔中的暗杀者》，剧场版第四部。
376 限时15时!
去露营的时候，兰被当作另一个女人，差点被杀掉，柯南救了她
当然， 哀也有帮忙
感觉还可以
294 爱与决心的必杀球（上集）
295 爱与决心的必杀球（下集）
兰救柯南
剧场版《通往天国的倒记时》
3:被看穿的最惊险的是03剧场版 世纪末的魔术师☆
1.结局的话肯定是有的吧, 但估计还要等N久哦， 现在的柯南那么红!!大家都在期待着呢!!所以应该还是不会结束的!!结局的话,总归是很意料之外的吧!!
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
2.TV版：
001 云霄飞车杀人事件（还没变小）
002 董事长千金绑架事件 （兰的回忆&.远影）
007 每月一件礼物威胁事件 (远影)
010 足球选手恐吓事件 (照片、想像&.投影)
018 六月新娘杀人事件 （回忆)
026 爱犬约翰杀人事件 (回忆）
032 咖啡店杀人事件 (回忆）
042 卡拉OK厅杀人事件 (远影）
048 外交官杀人事件(前篇 (回忆）
049 外交官杀人事件(后篇) （喝白干变大)
057 福尔摩斯迷杀人事件(前编) (回忆)
076 柯南对怪盗基德 (远影)
084 滑雪别墅杀人事件(前篇) (回忆）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 (照片＆.想像)
100 初恋情人回忆事件(前篇) (回忆)
101 初恋情人回忆事件(后篇) (回忆）
118 浪花连续杀人事件 (平次的梦－－工藤被袭击)
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (远影)
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰回忆的~）
190 危命的复活～第三种选择(平次扮的,其实新一也在哦~)
191 危命的复活～黑衣骑士 (变回来的)
192 危命的复活～新一回来了(药效没过...)
193 危命的复活～约定的场所(药效没过,但结尾就过了...)
196 看不见的凶器 小兰的初次推理 (兰的想象）
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 (回忆)
228-暗藏杀机的陶艺教室 前篇（兰的想象）
239 大阪的3个K事件(后篇) (远影)
250 偶像们的秘密(后篇) (星野辉美手中的剪报)
255 松江玉造连句十四次胜负(前编) (出现原因不明新一看见小狗走神）
271急忙掩饰的忽略 前篇(小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一）
278 英语教师VS西部名侦探(后编) （照片）
280 迷宫的阴暗（后篇）（柯南回忆足球明星比护来学校找他加入球队）
285 中华街雨中的似曾相识(后篇) (兰的错觉)
286 工藤新一NY事件(事件篇) (回忆）
287 工藤新一NY事件(推理篇) (回忆）
288 工藤新一NY事件(解决篇) (回忆）
300 友情与杀意的关门海峡(后篇) (回忆）
304 震动的警视厅 1200万人质 (兰的错觉＆.远影）
312 染上夕阳的布偶（前篇）(回忆)
330 被挑拨的友情（后篇）(回忆)
331 疑惑的咖喱饭（上篇）(想像)
343 便利店中的阴谋(前篇)(回忆&.远影)
344 便利店中的阴谋(后篇) (错觉、照片&.远影)
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（假扮&.回忆）
383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆）
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌－－恐怖啊）
400 心存疑惑的兰(回忆&.远影）
410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇)（回忆）
411 神社牌楼的惊人暗号
412 神社鸟居之惊悚暗号(远影）
422 银杏色的初恋(后篇)（回忆）
413 完全一半犯罪之谜 （柯南的回忆）
437上户彩和新一 四年前的约定（回忆）
456 我喜爱的推理 （回忆看齐川的小说）
472 少年工藤新一的冒险（前篇）
473少年工藤新一的冒险 （后篇）
490工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（中学时候，推理部分最好看）
508卡拉OK厅的死角（后篇）（回答英佑的问题：想要和兰表白。。的时候远影）
511 推理对决！新一vs冲矢昂（最后和兰打电话时的远影）
521 杀人犯、工藤新一(以其身份登场的是个整容的犯人，真人开始是柯南，之后化妆成死罗神)
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
524 憎恶的蓝色火花（前篇）（开头一些提到了）
特别制作 鲁邦三世VS名侦探柯南(错觉）
特辑：
飞上天空的十颗行星
ova：
01－柯南vs基德vs铁剑
02—十六个嫌疑犯（兰的回忆、平次的错觉）
08—女子高中生侦探---铃木园子的事件簿（兰的想象）
09（M12特典）—工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
剧场版：
1997 引爆摩天楼 （远影）
1998 第十四个目标 （远影&.回忆）
1999 世纪末的魔术师 （错觉&.假扮）
2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&.回忆）
2001 通往天国的倒数计时 （远影）
2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆）
2003 迷宫的十字路 （回忆&.变回来的&.远影）
2004 银翼之魔术师 （假扮&.远影）
2005 水平线上的阴谋 （回忆&.远影）
2006 侦探们的镇魂歌 （回忆&.远影）
2007 绀碧之棺 （兰的回忆）
2008 战栗的乐谱 （兰的回忆)
2009 漆黑的追踪者 （吃了药，变大）
3.银翼之魔术师 （基德假扮&.远影）剧场版
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
4.
M11 绀碧之棺
柯南把氧气筒给了兰，但是自己却无法呼吸，在海下，兰又把氧气筒给了柯南。
上岸以后，柯南问兰为什么把氧气筒给了他。兰说，柯南的举动和新一很像。
记得在国二时，有一天下雨，兰急着要回家，新一看见了，就把雨伞给了兰。还对兰说，我可是侦探啊，所以，又多带了一把伞。最后，新一淋着雨回家了，还得了感冒。
瞳孔中的暗杀者
连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着甚么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而巨大组织的内部秘密却如高墙般不可窥探！
江户川柯南与小五郎前往警事厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need not to know〔无需知道〕……」 这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部组织有关！
小五郎 、柯南和多名警察参加白鸟警部妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和女警佐藤都在化妆室中， 正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤女警为掩护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入化妆室时犯人却已不着痕迹地脱逃了，这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却因误认犯人而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……最后在喷水池中，兰找回了记忆，并狠揍了一顿犯人。
计时引爆摩天大楼
某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师－－森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。没办法以新一身份去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。
这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之上”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
TV的实在太多了，有几个名字忘了……
1.结局特别的长（慢慢看）
先发一个新闻报道
近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示,打算预定在今年内结束名侦探柯南，根据小学馆传来的证词,虽然名侦探取得了前所未有的成功,但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段,再拖延下去只会降低故事的观赏性,因此虽然有些遗憾,也只能保证剧情为优先。
大家最关心的结局问题,作者青山冈昌没有过多透露,只是表示会是出乎所有人预料的,同时动画会先于漫画结束,而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答,
至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事,青山则表示：‘还没考虑太多,不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’官方消息,关于哀的问题,青山老师给出了最后的答案,哀在最后的几集中,被组织以极隐秘的方式所枪杀。目前青山老师的这部分的漫画已经画完。青山老师说,在哀生命即将结束的时候,与柯南{工藤新一}的对话很经典,她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了,柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局,大家不要想的很乐观,青山老师说会出呼所有人的意料！！阿笠博士的真面目 黑衣人的真正的首脑,就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！ 而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
2．剧场版
（1）有新一出场的剧场版是：变回新一的是《迷宫的十字路口》，开头新一出场（兰的回忆）《瞳孔中的暗杀者》，新一的小时候（兰的回忆）《水平线上的阴谋》（2）好看的剧场版《迷宫的十字路口》《通往天国的倒计时》《贝克街的亡灵》《水平线上的阴谋》《战栗的乐谱》
TV版：
345《满月之夜的二元推理》；
笼罩在柯南和灰原身边的黑暗之光终于开始发出了最终的闪耀。小五郎和柯南同时收到了Vermouth发来的邀请，邀请他们去参加一个满月之夜的化妆派对。重要的是，寄给柯南的邀请状信封上虽然写着“工藤新一收”，而请函上的称呼却是“江户川柯南”！看来柯南就是新一这个秘密也被Vermouth发现了。灰原知道Vermouth邀请柯南去参加这个“来自黄泉的派对”时，极其强烈地提出反对意见，却被柯南用麻醉针给麻倒了……与此同时，Gin和Vodka也收到了Vermouth的邀请。小五郎和园子踏上了举办“黄泉派对”幽灵船，他们发现应邀的人都无一例外地打扮成了鬼怪的模样，有狼人、美渡莎，更有一个裹满绷带打扮成隐身人的家伙，神秘地在来宾登记表上签下了“工藤新一”……这时，博士家中，录音机里放着博士和柯南的对话，而两人已不知所踪，灰原醒了过来后，接到了新出医生的电话，原来他想带感冒一直没好的灰原去医院好好看病，灰原同意。谁知这个电话居然被juddie监听着！她的脸上露出了深不可测的笑容，手中则握着那张被打上了X的SHERRY的照片。博士家的门铃响了，以为是新出来了的灰原打开门一看大吃一惊，原来门外站着的竟是juddie！原来新出来博士家的路上，碰上了道路工程耽误了，juddie安排了人在道路上拖延新出，自己在新出到之前来到了博士家，并解释说自己是替新出来接灰原的。在路上被耽搁的新出驾车来到博士家时，正好看到灰原乘juddie的车离开，于是便开车跟在后面。在路上，带着灰原的juddie开着车，灰原发现了后面的新出，同时juddie也发现了，过了一会儿，一直没说话的灰原突然开口，让juddie做一件事。与此同时，化妆派对上发生了杀人事件，小五郎自然无法解开真相，而此时那个神秘的隐身人则声称自己已经看破了一切。他慢慢解开缠在自己脸上的绷带——工藤新一！！所有人都惊讶万分，因为新一已经消声匿迹很长时间了。而潜伏在船上的Vodka更是纳闷：这个高中生侦探不是明明已经被Gin老大在第一集里给干掉了啊？新一轻松解决了杀人事件。话表两头，juddie引着新出来到了一个无人的码头。她和新出都下了车，新出问juddie带走灰原到底想干什么。但juddie开始拿前段时间在新出家里发生的杀人事件来盘问新出，后者在回答中露出致命破绽：他的回答和警方保留的案宗上记录的一样，然而警方的案宗记录的并不是事实，那只是凶手为了不伤害到被利用的佣人小光而说的谎，当时亲临案件的新出是不可能回答错误的。于是假新出终于撕下了面具，露出了真正面目——Vermouth！！原来新出是vermouth假扮的！那么juddie又是谁呢？她是FBI的探员！juddie全家二十年前被Vermouth灭口，只有juddie一人幸免于难。发誓报仇的她不仅继承了父亲的职业成了FBI，更是牢牢记住了Vermouth灭门当晚对她说的一句话：A secret makes a woman woman！Juddie为了不忘记她就一直把这句话放在嘴边。Juddie还告诉vermouth，其实FBI很早就在跟踪名义上是大明星克里斯.宾亚德的Vermouth了，juddie也多次潜入假新出也就是Vermouth的住所，并翻拍了很多资料，本集开始juddie手里的Sherry照片就是从Vermouth那里墙上的翻拍的。总之，FBI早就知道新出是假的，于是安排了真正的新出一家到很远的地方去，这里就将计就计，让vermouth继续假扮着。一直面带微笑的vermouth听着听着突然企图开枪反击，但juddie也拔枪，打掉vermouth的枪。之后，juddie又抖出vermouth和其已故的母亲莎隆.宾亚德其实是一个人，因为FBI收集到的两人的指纹是一样的！Juddie高喊着让自己FBI的同僚们出来逮捕Vermouth，同时又问：既然克里斯和莎隆根本是同一个人，那么这么多年了，你为什么不会老？就在这个时候，一发狙击子弹击中了Juddie，并让她丧失了行动力。原来，Vermouth也不是省油的灯，她也早就知道了FBI对自己的侦察，只是也将计就计了。神通广大的她更是摸清了FBI的联络方式和暗号，在今天Juddie去博士家接灰原前，Vermouth已经化妆成Juddie的模样来到了码头支走了所有埋伏在那的FBI，且在那里埋伏下之前找来的帮手：组织里的狙击手Calvados！看来两个美女的比拼还是vermouth占了上风。vermouth捡起Juddie的枪，当正准备送Juddie上西天的时候，一只皮球从Juddie的车中破窗飞出，击飞了vermouth手中的枪，灰原从车中走了出来。同时，在化妆派对上的工藤新一微笑着撕开了蒙在脸上的面具——居然是服部平次！而柯南则用麻醉枪逼Vermouth上车。正在双方僵持不下的时候，灰原竟然赶来了！原来她事先藏好了一副备用跟踪眼镜，在从麻醉中苏醒过来后，不愿让柯南一人去面对危险，就撬开了地下室的门，用跟踪眼镜找到了柯南，也将自己暴露在一直令自己恐惧不已的Vermouth面前。如此一来，柯南的计划付诸东流，于是柯南激动地大声嚷着让灰原快离开，却不慎一时分神被Vermouth抓住了麻醉枪，被Vermouth一针麻倒。此时的灰原倒已完全冷静了下来，她对已经控制了整个局面的Vermouth说，愿意用自己的性命换其他人的命。Vermouth笑着答应了并从脚上又拿出一把手枪，准备结果灰原。这是，Juddie的车子的后备厢突然弹开，居然是小兰从里面跳出来。Juddie明白了小兰大概是在看到自己家厕所镜子后面的那些照片后，为了调查Juddie的身份而躲在后备箱里跟来的。Calvados立刻像小兰连开数枪，还好小兰躲得及时。Vermouth突然慌了神，让Calvados住手，而Calvados没有听，Vermouth居然向Calvados的方向开了一枪以示警告，Calvados这才住手。小兰从车上跳下，扑向灰原，并用自己的身体掩护灰原，把她扑倒在地护在自己怀里。Vermouth把枪对着小兰，让她从灰原身上离开，并且像兰周围的地面连开数枪，小兰紧紧地抱着灰原大声说已经报警了，再忍耐一下！Vermouth见此情景不禁想起了想起了小兰救过自己一命的情景，原来，当时的那个银发杀人魔就是Vermouth假扮的！Vermouth的心中的天使就是小兰！此时面对小兰，Vermouth不禁忘情地大喊：Move it！Angel！这时Vermouth却忽视了一旁的Juddie，她已经爬到了Calvados狙击的死角，并捡起了枪对着Vermouth，命令她扔掉武器。此时Juddie的身后响起了不紧不慢的脚步声，Vermouth以为那是Calvados过来支援了，却不料黑暗中走出来的人竟然是之前那个谜一样的人物——赤井秀一！原来赤井的真实身份也是FBI。他在上面打伤了Calvados的双腿，缴下了他所有的武器后，现在来对付Vermouth！看到赤井后的Vermouth似乎乱了方寸（毕竟赤井是银色子弹级别的人物），她立刻想开枪击杀赤井，赤井身手不凡，抢先一步用霰弹枪轰中了Vermouth。还好她身穿防弹衣，受了伤的Vermouth突然抱起昏睡的柯南做人质，逃离了现场。接着原本以为已经被缴光了武器无法动弹的Calvados居然不知从哪里又摸出了一把枪饮弹自尽了，最后FBI还是白忙了一场，一个重要的犯人也没有抓到。Vermouth逃跑到深山里，她与黑衣组织的BOSS发完邮件后，突然发现柯南的身上安装了心电监视器的电极、信号发信器和录音机。Vermouth想拔掉录音机，柯南开口突然让她住手，原来柯南早就醒了过来，他告诉Vermouth，刚才她发的邮件地址的按键录音已经被他录下来的，如果自己被杀或者电源被拔掉，心电一停的话，刚才Vermouth给BOSS打电话的录音还有BOSS手机的邮箱地址统统都会被信号发射器传送到在附近接应的同伴那里（就是开车等在附近的博士），警方就可以根据邮箱地址来找到组织BOSS！柯南还说，如果Vermouth不想这种事发生，那么就必须带自己去见BOSS！看来Vermouth被柯南摆了一道。Vermouth假意服输，却突然放出了催眠瓦斯。她告诉柯南这就是赌博：如果柯南先醒自然可以叫警察来抓她，甚至可以去抓BOSS，可如果是她先醒，柯南就得赔上自己的命了。后来Vermouth用了以前Gin也使用过的方法：开枪打伤自己保持清醒。当博士赶过来叫醒柯南是，她破坏了柯南搞到的录音后离开了。最后，受伤的Vermouth给Gin打电话要他来接自己。Gin听了Vodka关于派对上事件经过报告后问Vermouth，认不认识一个叫工藤新一的小鬼。Vermouth迟疑了一下说，不知道……
《生死一瞬间》188——193生死一瞬间之《钟乳洞探险》《名侦探负伤记》《第三个选择》《黑衣骑士》《新一的出现》《小兰的首次推理》
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南~啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死~~于是坦白计划泡汤~~剧情得以继续下去~~同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物，借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。新一明白了在糀町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。结果破了案子，药效到了~~他差点哭出来……柯南看到兰跟前~“新一哥哥走了~”，兰开始哭~~“新一哥哥说~……”“我不听我不听……”~~“他说，希望你等他，就是死，他也会回来的……”
286——288工藤新一NY事件(事件篇) (推理篇) (解决篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗•温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 (这也是毛利兰开始对新一有好感的开始，那个街头飞车的动作堪称经典)
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
472——473少年工藤新一的冒险（前后篇）(少年)
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战…
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪……
521 杀人犯 工藤新一★
柯南收到了一个叫屋田成人寄的信，约他到森林中的小木屋见面。不料，出门前，误食了药，本来应该是普通的感冒药，阿笠博士却拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解药。在小木屋中的柯南即将要变回工藤新一，在最后时刻，柯南跌入了湖中。让兰意想不到的是：眼前的新一竟然失忆了！和叶说带工藤去，没准可以让工藤恢复记忆。在一年前的现场，工藤、毛利、远山、服部等人遇到的屋田成人的同级生：水川萌生，以及东都新闻报社记者：河口深里。
次日，服部平次发现工藤新一不见了，然后竟然在一年前的案发现场找到了工藤。发现，工藤新一刺杀了河口深里……
522 新一的真正身份和兰的眼泪★
原来，真正的工藤新一并不是杀人犯。而假的工藤新一竟然是屋田成人（日原成人）整容的。工藤新一在森林的小木屋中，穿上了死罗神的衣服，在事件现场和大家见面，并揭开了事件的真相。的在事件最后，工藤新一意识到了自己要变回江户川柯南了，最后灰原哀给了工藤新一一粒APTX4869的解药，保住了秘密。在回来的高速公路，又遇见了一起杀人案件……
523 真正想问的事
新一他们超过的一辆车里面有个很奇怪的人，仔细一看，原来他死了！当新一随着平次要赶往命案现场时，小兰的脑海里显出了他们去游乐园的那次回忆……小兰抓着新一的衣服仿佛要说什么，但什么也没说出来……在谜团解开之际，那粒APTX4869的解药药效却只有4个小时，工藤新一刚想在变回柯南之前逃开，小兰却抓住了新一，后来柯南用麻醉枪让兰睡去，自己把衣服剪了，粘成小号的骗过醒来的兰
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
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黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
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