小型动物和水生生物在水体水质净化中都起着非常重要的作用。
小型动物，如1~2mm以下的后生动物，与水处理过程，特别是环境水体水质净化过程有密切的关系。它们通常被称为"水下哨兵"，能长期检测有机污染物的慢性排放，对于水体生态系统的健康非常关键。
水生生物，如水生植物，是水生生态系统的重要组成部分，具有重要的环境生态功能。对于水体，特别是浅水水体，大型水生植被的存在具有维持水生生态系统健康、控制水体富营养化、改善水环境质量的作用。
此外，如果要从源头抓起治理河流污染的话，需要减少生活污水、工业污水的排入，消除面源农业药、肥的污染；可以引入枝角类的浮游动物来减少藻类滋生；清除污染的底泥、浮叶植物也有效。沉水、挺水等也是治理河流污染时需要考虑的方面。
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