法律分析：会，但这种影响是民事权利义务上的影响而一般不涉及行政或者刑事。员工如果因为与公司存在劳动争议而向劳动仲裁委申请劳动仲裁，则仲裁委受理后，公司将成为劳动仲裁的被申请人，需要参与到仲裁当中，并且受到劳动仲裁的裁决的约束。可能会需要对劳动者进行经济上的补偿、赔偿或其他。
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第五十一条：生效调解书、裁决书的执行当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。
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