不清楚提问的是公司还是员工，但无论是哪方，都建议就这个事情再书面约定清楚，明确公司扣工资是员工归还1000元借款。不然员工担心公司借条丢了说他没还款，公司也可能会存在隐患，比如员工可能会说这是故意克扣工资，违反劳动法。
借条弄丢了，可以出份关于xx向xx借款xx元借条作废的申明，或出具收xx向xx还款xx元的收据就好了。
当然是应当的，不然怎么能证明我还钱了。
