为什么在地税查到的已纳税额会比单位实际扣的低

1、申报系统原因
如果你在当地地税局的官网上查询时，你工作过的部分月份是没有个税缴纳记录的，那么可能是“金税三期”系统在上线做数据迁移时造成的数据缺失，尤其是2016年以前的个税申报数据。如果你确实需要这部分真实的数据，可以带身份证到税务机关提交申请查询。
2、零申报原因
如果部分月份没有个税缴纳记录，对比下当时的工资单，是不是工资比较低、不达3500元。当工资不达3500元时，单位也会进行个税申报，但因没有税金产生，这种申报叫“零申报”。但“零申报”是不体现在个税缴纳记录的。凡是在税局的系统中能查到的个人所得税记录都是税金大于0的。如果工资超低，虽然单位申报了，但你查不到个税记录；
3、发票换工资原因
公司有时未将你的全部工资收入都申报个人所得税，比如让你提供发票，你通过“找发票换工资”的方式（违规行为），领取了一部分工资，公司计算个税时并未将这部分工资包括在内。所以你查到的缴纳记录要低一些。
4、故意少申报原因
有的公司会发生给员工的工资单上计算的个人所得税是100元，但到了次月在申报个人所得税时，并没给按100元申报，而是少于100元，那么你想到的结果当然比实际扣的低。
5、录入失误原因
有时是单位在申报时录入错了产生的差异，但这咱情况不多。如果出现了，可以向当地主管的地税局的专管员提出申请，是可以更正的。