就thought而言，主要根据这个单词的用法，可以是简单句：I thought it useful.我当时认为是有用的。
也可以是复合句：I thought it was useful.我当时认为是简单的。（it was useful是宾语从句。）
不同的动词有不同的搭配，要视情况而定。
再如：I found it interesting.我发现它很有趣。
I found it was interesting.我发现它很有趣。
我感觉当主句的谓语动词的时态是一般过去时的时候,其宾语从句的时态一般要用任一适当的过去时态，所以我认为是 was，I thought (that) it was difficult。
be动词变，be动词后边的动词应该是表示被动或者状态的，你把题放上来，情况不同，变化不同，比如过去进行时就应该是be动词过去式，动词ing
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