游戏讲述一个人间(游戏中称“轩辕界”)少年陆承轩(上古神器“昊天塔”转世)因精神失控,杀死自己父母而被同族人驱赶,最后绝望想跳崖自尽,此时“皇甫暮云”(轩辕剑转世)用盘古斧打开轩辕界与“山海界”的通路,陆承轩坠入其中。此后三月,皇甫暮云教主角一些基本剑术,并以要事在身为由,暂时离开主角。游戏自此开始。因山海界天气逐渐炎热,毛民国民四处觅食,主角担心皇甫暮云被当作食物抓走,便恳求他先前救过的毛民“福”帮助,福出于感恩,替他带路,去毛民国牢房一探究竟。途中遇到同来营救朋友的“女子国”二国主“夏柔”(东皇钟转世)。牢房关押的就是夏柔即将被当作祭品的“青龙国”的“莫邪”。福因为帮助外人,被迫离开国家,跟随主角。莫邪认为主角身上有某种潜质,能与青龙国圣物“圣宇盘”发生感应,是“圣者要找的人”(之前夏柔也被认为如此),而要求主角一同去见圣者。途经“氐人国”,将想去青龙国寻找药材救妻子的“玄武国”寒洛收入队中。
一行人来到青龙国,圣者通过测验确定夏柔才是正确人选,并告诉众人,天气变热是因为“朱雀国”想统治山海界,要破除上古封印,放出神兽所导致。要众人去寻找可以再度封印神兽的二十八颗“星曜石”(按二十八星宿命名)。
途径玄武国,得知寒洛伯父勾结朱雀国,篡夺王位。实质是朱雀国企图将战线推进。寒洛随同主角赶往女子国,请求援兵。在与白虎国,氐人国的帮助下,朱雀国战败而逃。白虎国决定乘胜追击,众人来到战争前线。在得知了战争真相后,主角决定直接潜入朱雀国。在地下宫殿中,发现朱雀帝正在释放被封印的朱雀圣兽。在众人与朱雀帝斗的两败俱伤的时候,一名青衣女子(青魃)出现,郑亩扰带走了朱雀圣兽。原来,青龙圣者所说朱雀圣兽造成天象异常是错误的,实际是这名青衣女子想利用圣兽的力量解开自己的封印。
为了复仇,青魃在获得真身之后将青龙,白虎,朱雀,玄武四国全部毁灭,并扬言在毁灭山海界后还将继续毁灭轩辕界。主角在众人帮助下,来到山海界中央地带。打败青魃,并让青魃认识到自己的怨恨起于一场误解。最后青魃自愿接受封印。
原来逐鹿之战的时候,青魃深爱黄帝,为了帮助他战争蚩尤,她偷来了轩辕剑,并为之消耗了自己的力量,导致战争结束后,青魃的体热使一个地区干旱不断。黄帝为了整个轩辕界子民,用东皇钟创造了新天地,忍痛将青魃与战败的炎帝部落一同移进去。随后,青龙,白虎,朱雀,玄武也驱赶她,并将她封印,从此青魃误以为自己付出全部却得到这样下场,决心复仇。
而普通结局在众人进入朱雀国地下宫殿时开始,朱雀帝已经被皇甫暮云和青魃打到,青魃正要解开朱雀圣兽封印,众人前去阻拦。皇甫暮云出于保护青魃,企图武力阻止主角行动,却迟迟不能下手。此时青魃打到皇甫,放出圣兽与大家决斗。青魃战败身亡,皇甫为了报仇,邀约与主角单独决斗。最后同归于尽。
按照《轩辕剑三外传•天之痕》中一段对话的描写,‘剑’、‘塔’曾有一度失去力量,无法恢复人形的例子,固尚未玩出隐藏结局的玩家,认为才是正统,但在隐藏结局中,剑塔都曾失去力量,塔是剑所杀,之后借助钟剑的力量重生,随后剑为证明黄帝后悔的证喊旦据自毁,亦符合剑塔曾一度失去力量,固DOMO后来有言隐藏结耐滚局才是正统后续,唯一的迷团是盘古斧跟轩辕剑如何回去人间界。
按照《轩辕剑外传•汉之云》结局,夏柔送轩辕剑回去,若是一般结局,夏柔是不大可能送轩辕剑回去,因为不可能去体谅天女背后的故事,而产生的仇恨意念,但若是隐藏结局,又与古月圣的话相互抵触,故正统结局如何,实难定夺。
主角经历的山海界国家依次是:毛民国,氐人国,一目国,周饶国,青龙国,玄武国,女子国,白虎国,白民国,长臂国,厌火国,朱雀国,奇肱国。
简单的来说,轩五时间剧情如下:
云之遥(本篇+兰茵篇)→轿滑汉之云+五丈原篇→汉之云朝云去山海界→一剑凌云山海清→汉之云朝云从山海界回归
剧情从云之遥开始(这应该埋空不用我讲了吧),LZ你玩过兰茵篇应该知道黄帝帮暮云闭液腊恢复了记忆,然后决定去山海界就出母亲青儿。但救出青儿会让山海界完蛋,而且青儿要报复黄帝,再把人界也给完蛋。所以路人轩他们就要阻止,所以后来就那样了
隐藏结局才是正统,因为不拍销亮与汉袭宽之云结局耶亚希与朝云哥哥重会冲突,至于古月仙人说过的塔与钟恢复原形,其实隐藏结局里面陆承轩也曾一度变回昊天塔,只是夏柔的有点棘手。
三篇的联系大致就是天女帮助恋人黄帝胜利以后,无法恢复神力回不到天界,造成大地干枯,黄帝被迫将其放逐山海界,最终被四使封印,天女与黄帝的结晶轩辕剑转世成暮云与朝云两兄弟并各自为魏蜀而战,终极对决中朝云战胜弟弟,两人恢复了从前的记忆,于是由暮云灵魂借托哥哥(暮云已死)的肉体进入山海界救天女,并再度引起混乱。天女更欲报复黄帝,意图毁灭大地,最终在陆承轩与夏柔的努力下,暮云放下私情,遁为原形,让天女看到黄帝当年的悔恨、自责和无奈,终于放下仇恨,再度封印。但朝云的肉体斗哪也毁坏,于是被夏柔带回地面耶亚希身边,两人都只剩了魂魄,永远在一起
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