根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释
第十七条 两个以上同级人民法院都有管辖权的案件，由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。
管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
综合上述的规定，刑事诉讼中两个管辖法院跨省，发生管辖争议，应当层报共同的上级人民法院指定管辖，例如，两个不同省的县级人民法院发生管辖权争议，应当由县级人民法院分别层报各自市级中级人民法院，然后由市中级人民法院报各自省高级人民法院，再由高级人民法院报最高人民法院指定管辖。所以，最后应当是由最高人民法院指定管辖。
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