疾病的防治，必须在“无病先防，有病早治，防重于治”的原则下进行：①应控制和消灭病原体，切断传播途径，推行贝类健康养殖技术，包括使用无病原污染的水源和藻种，强化疾病检疫，建立隔离制度，加强养殖区的环境预测，预报赤潮的发生；②改善和优化养殖环境，倡导“洁净生产”和“可持续发展”，合理放养是对养殖环境的一种优化，多品种多元化养殖能促进生态平衡，提高单位养殖水体的效益，并能起到预防传染性流行病暴发的作用，轮养也是防止大规模病害发生的主要途径之一；③提高养殖种群和养殖群体对疾病的抵抗能力。研究野生及养殖群体的遗传变异，分析养殖群体可能存在的近交衰退、遗传多样性降低等对群体种质资源造成的不利影响；④养殖种类复壮育种，通过人工选择，复壮提纯培育出生长快、抗逆性强的品种，开展杂交及引种工作。
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