我解决了，是这样删除的。选择Window->Preferences->MyEclipse->Servers->Tomcat->Tomcat 6.x->Laucch->Create Launch Configuration，鼠标右键你想删除的tomca点击“删除”即可。注意：Create Launch Configuration是创建了一个新的tomcat，所以要删掉原来那个tomcat，就要删两个tomcat，一个是tomcat 6.x，一个是tomcat6.x(1)
我也遇到这种情况了，我把两个全部删除，然后应用，就都没有了。然后再添加，就只出现一个了
可以把多出来的隐藏，不让它显示
请问你解决没有？？
把那个 Add as Server 那个勾去掉应该可以
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