我觉得你还是马上去问一下专管员吧，一般这种情况最好是作废发票，按照发票丢失去做处理，需要客户出具证明，你们也要写说明，并在当月作废这张发票，打印出来废票明细，拿着这些东西和抵扣联，去专管员处，让税务局给你签字确认，然后才可以。
流程是这样，至于签字是否顺利，要看你和专管员关系如何，还有就是他心情如何……
普通发票嘛，没什么关系，最好你去国税出具个已报税（或已入库）证明，作为附件，给对方和复印件一起入账。
增值税普通发票丢失，应该是没什么大麻烦，无非是被人捡到做假发票的时候套个票号。但是，不按照税收相关程序办理，如果在将来稽查查账的时候，这就是个问题。
增值税专用发票用复印件都行，何况普通发票
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