目前还不知道，知道的话应该结局了，不过之前有好几次疑惑。
小兰的疑惑：
第一次：在“TV007每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚；
露马脚的原因：当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。
解决方法：柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
第二次：“TV096走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。
她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场。柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。
露马脚的原因：柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，兰在看到10年前与新一和九十九元康的合影，发现柯南和新一小时后一模一样，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药，所以把柯南带到了新一家门口逼他招供！
这时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
第三次：应该就是“TV190-193危命的复活”系列中，小兰一开始就对小五郎建议她和柯南一起洗澡反应很大，其实早在《027-028小五郎同学会杀人事件》他们就一起洗过了。
当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰毫不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。
解决方法：柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南。
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
社会影响
《名侦探柯南》 引进中国后，热度一直居高不下，倍受追捧。这部动画片更是在国内电视台反复播出。寒暑假期间经常出现多台同映的现象。2003年，《名侦探柯南》以9.54%的收视率排名上海电视台的全年第六，成为第一部挤进中国电视收视率前十名的动画片。
截至2015年10月，《名侦探柯南》单在优酷的网络播放量便达到11亿次，网友评论超过40万条。江户川柯南、工藤新一、怪盗基德、毛利小五郎都是在中国家喻户晓的动漫人物，伴随了80、90后一代人的成长。
据网络调查，在中国，许多80、90后都有收藏《名侦探柯南》系列漫画及周边的爱好，可见这个童年小伙伴在中国青年一代中的影响力之大。
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
参考资料：名侦探柯南-百度百科
目前还不知道，知道的话应该结局了，不过之前有好几次疑惑。
小兰的疑惑：
第一次：在“TV007每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚；
露马脚的原因：当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。
解决方法：柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
第二次：“TV096走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。
她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场。柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。
露马脚的原因：柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，兰在看到10年前与新一和九十九元康的合影，发现柯南和新一小时后一模一样，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药，所以把柯南带到了新一家门口逼他招供！
这时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
第三次：应该就是“TV190-193危命的复活”系列中，小兰一开始就对小五郎建议她和柯南一起洗澡反应很大，其实早在《027-028小五郎同学会杀人事件》他们就一起洗过了。
当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰毫不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。
解决方法：柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南。
第四次：在“TV398-399 奇妙一家的委托”中，柯南不小心把手机丢在了屋里，而小兰给新一发短信却发现柯南的手机正好响了，使她产生了怀疑，柯南赶紧出现将手机拿走了。
小兰怀疑柯南的种种破案想法都是偷偷与新一联系得来的，于是在破案过程中一直监视着他，却没发现他与任何人联系，就产生了柯南就是新一的想法。在这一集的末尾，柯南故意在下车时装作不小心把手机掉在车里让小兰捡到。
在紧接着的一集“400小兰的疑惑”中，小兰为了验证柯南是否新一，决定打开手机查看里面是否有自己发给新一的短信。
仔细的回忆了当初和新一的谈话后，破解了手机的密码（4869即夏洛克），发现里面没有自己发的短信，于是决定再发几条验证短信是否是发到这个手机上，结果发了几条后发现手机没反应，而真正的新一却打电话过来责备他了。
原来阿笠博士的手机与柯南的手机一模一样，柯南故意将掉包后的手机留给小兰，而自己用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。本集中，新一将自己的手机号码告诉了小兰。
故事中时刻都存在小兰的疑惑，柯南逃脱的把戏也只不过是变声器、电话、白干、伪装而已。
拓展资料
《名侦探柯南》（日文：名探侦コナン；英文：Detective Conan；美版英文：Case Closed）是日本漫画家青山刚昌的一部以侦探推理情节为主题的漫画作品。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马兼女友毛利兰一起去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣男子。
他跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击晕，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。
考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是工藤新一化名为“江户川柯南”，寄住在女友毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。不料小五郎不但对其没有帮助，还是个冒失的糊涂侦探。
所以发生案件后，柯南就用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，同时也结交了许多伙伴，并且一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。
小兰怀疑柯南的真实身份的话数：
1.007集 《每月一份礼物威胁事件》
2.010集 《足球选手恐吓事件》
3.096集 《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
4.162集 《飞天密室 工藤新一最初的事件》
5.188集 《危命的复活 洞窟内的侦探团 》
6.189集 《危命的复活 负伤之下的名侦探》
7.400集 《满腹疑惑的小兰》
8.剧场三《世纪末的魔术师》
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
如果知道了，那这部动画就差不多结束了所以现在小兰只是怀疑柯南是工藤新一具体怀疑集数有：TV版－－－ 007 每月一份礼物威胁事件 柯南看到的小川食指前端有类似线状的痕迹，推断他是外科医生，让小兰联想到了新一（云霄飞车杀人事件），接着变密切地观察着柯南。 解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。 096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(特别篇) 柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。 解决方法是，当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。 172～173复活的死亡讯息（看了很多答案，都没有人提到这一集啊） 当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。 柯南并不知道兰开始怀疑他就是新一，因此也就没有什么所谓的解决方法。 http://www.tudou.com/programs/view/0HNH2VoLbV4/ 03：30～04：00 11：35～11：44 有两个兰的特写镜头，细细品品味，你就明白了 188 危命的复活 洞窟内的侦探团 189 危命的复活 负伤之下的名侦探 190 危命的复活 第三种选择 191 危命的复活 黑衣骑士 192 危命的复活 新一回来了 193 危命的复活 约定的场所 至于这个6集的危命的复活系列，个人认为兰已经在心中确认柯南就是新一，否则怎么一开始当毛利大叔建议兰和柯南一块洗澡，兰出现的一个惊慌失措？害羞？的特写镜头呢（以前一块洗的时候怎么没见过她有这种表情），及后来的兰毫不犹豫地为柯南献血事件呢？（这应该就是因为《复活的死亡讯息》中的疑惑所导致的结果吧） 解决方法是，哀给柯南制了临时解药，让他暂时变回新一，而自己用口罩型变声器变成柯南。 398～399奇妙一家的委托 400心存疑惑的兰 兰发短信给新一，但柯南的手机却在这适合想了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。 解决方法是，在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用自己的手机打给兰，解决了兰的疑惑。 剧场版 第3部《世纪末的魔术师》 因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一,所以怀疑他是新一。 解决方法是，当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。（
您好，我是柯南吧知道团队（百柯全说）的成员，很高兴能回答您的问题^_^
小兰目前还不知道柯南是新一，不过她有怀疑过好多次。
（1）在很前面，具体多少集我忘了。好像是柯南借助灯光让影子变大，用变声器和小兰说话，小兰才消除怀疑。
（2）096
走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
小兰在新一家门口当面质问柯南，幸好新一妈妈出现才没有被揭穿。
（3）188
危命的复活
洞窟内的侦探团
189
危命的复活
负伤之下的名侦探
190
危命的复活
第三个选择
191
危命的复活
黑衣骑士
192
危命的复活
新一回来了
193
危命的复活
约定的场所
这是一个很精彩的系列，一开始是柯南受了枪伤，急需输血，可是医院血库没有符合柯南的血型，小兰情急之下和医生说自己和柯南是同一个血型的，柯南在那时就知道小兰怀疑他了。
于是吃了小哀做的药，让小哀带着有变声器的口罩扮成自己。让“柯南”和新一同时出现在小兰面前，才让小兰觉得自己猜错了。
（4）400
心存疑惑的小兰
（貌似是这集）
小兰又怀疑柯南是新一了，柯南用计让自己出现在小兰面前的同时，和“新一”讲电话（其实是柯南之前就录好音的……），才让小兰消除疑心。
（5）剧场版
银翼的魔术师
在末尾的时候小兰问柯南，幸好基德变成新一的样子才让小兰消除疑惑。
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