居巢原本是个古代地名，现在的巢湖市所在地商周时建南巢，据说是因当地地形象鸟巢。在夏、商、周三代,巢国世代为诸侯国,春秋时期,楚国灭掉巢国。秦汉设居巢，唐初置巢州，后来称县。
据说古居巢已经陷地成湖，在现在巢湖水下，近年来在巢湖岸边发现不少遗迹文物。据记载,在古代曾兴盛一时的古巢国在公元240年陷落,今天的巢湖因此形成。但是实际上巢湖形成应该早的多，不过它的演变过程中吞没过古代城市是有根据的。
1949年6月，成立巢湖专员公署，辖巢县、无为县、庐江县、三河市、肥西县、肥东县、含山县、和县和巢湖水上公安局。1952年巢湖专员公署撤销。1965年巢湖专员公署恢复建制，辖巢县、无为县、庐江、肥东、含山县、和县。1971年改称巢湖地区行政公署。1983年肥东县划归合肥市。1984年巢县改称巢湖市。1999年，国务院同意撤消县级巢湖市，设立地级巢湖市。
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